DNA超螺旋、基因组、染色体课件.ppt

Superhelix of SV40 DNA (Vinograd, 1965) Function Mechanism of Topoisomerase I 基因家族：真核生物基因组中有许多来源相同、结构相似、功能相关的基因，这样一组基因称为基因家族。 （4）有些可以编码蛋白质，在某些基因的转录中作为调控成分。 五. 断裂基因（split gene） 也叫不连续基因，指在真核生物中，大多数编码蛋白质的基因是不连续的，即基因的编码序列之间插入了不编码的序列，称为断裂基因。 内含子的意义： （1）可能是遗传的残留物。 （2）Walter Gilbert假说：是使蛋白质进化过程的残迹。 （3）可以保护基因家族中基因的完整性。 五、真核与原核生物基因组比较（ P78 ） 作为总结性的问题，课后总结。同时掌握 断裂基因、假基因、内含子、外显子的概念。 §2-3染色体 * * 这个半重组所需值被称为c0t1/2。既然c0t1/2是进行至一半时浓度与所需时间的积，较大的c0t1/2值则暗示了反应较慢。DNA重组通常遵循c0t曲线。它是以DNA重组比率与c0t对数值为两坐标绘制的。图3.5给出了几个基因组的c0t曲线。每条曲线的形式相似，在10%重组与90%重组间c0t值差超过了100倍。但每条曲线的c0t1/2值不同。 c0t1/2直接与基因组中DNA含量相关。这反映了随着基因组复杂度的上升，对于给定质量的DNA任何特定序列只含有很少的拷贝。例如，如果DNA初始浓度为12pg，对于基因组大小只有0.004pg的细菌基因组来说每个序列将有3000个拷贝。但是对于大小约3pg的真核生物基因组而言，每个序列只有4个拷贝。因此同样地以每升核苷酸摩尔数计量的DNA绝对浓度将使真核生物一个序列的浓度比细菌低3000/4=750倍。 既然互补序列的浓度决定重组速度，要使真核生物序列以与细菌相同的相对浓度存在，它就必须有750倍的DNA（或是能产生同样量的750倍长的DNA）。这样真核生物反应的c0t1/2是细菌的750倍。 因此反应的c0t1/2值也显示了尊在的不同序列的总长度。这也可称作复杂度。而复杂度往往是用碱基对数给出的。 任何基因组（或其一部分）的DNA重组显示c0t1/2与复杂度成比例。任何DNA的复杂度可由将其c0t1/2与已知复杂性的标准DNA比较而获得。通常大肠杆菌（E.Coli）DNA被当作标准，其复杂度被用来标记基因组的长度（这暗示了大肠杆菌基因组中每段序列都是独特的）。因此我们可以写作= §2-1 DNA超螺旋与拓扑异构现象 第二章 DNA、染色体与基因组 一、 DNA超螺旋（superhelix or supercoil） DNA超螺旋结构 Linear DNA. L Open Circle DNA OC relexed form Supercoiled circle(高级结构) Covalent Closed Circle CCC 指双螺旋环状分子再度螺旋化即成为超螺旋结构。 超 螺 旋 形 成 示 意 末端固定的线型双螺旋 额外的张力不能释放 双螺旋以扭曲方式缓 解应力，形成超螺旋 二、 DNA超螺旋的方向性 松弛（relaxed）状态： DNA在水溶液中, 构型偏B型状态。DNA以10.5 bp/helix为最稳定构型。 正超螺旋：小于10.5bp/helix，则其二级结构处于紧缩状态，由此产生的超螺旋为正超螺旋。 负超螺旋：大于10.5bp/helix，则其二级结构处于松缠状态，由此产生的超螺旋为负超螺旋。 由此可见，超螺旋总是要向着抵消初级螺旋改变的方向发展；双螺旋DNA的松开导致形成负超螺旋；而DNA的拧紧，则导致形成正超螺旋；所有的超螺旋都比松弛型含有更多的自由能。 拓扑学(topology)是研究几何图形在平面位置关系不变情况下空间结构变化规律的数学分支。 三、DNA超螺旋拓扑学定义 实验证明，细胞内的DNA存在拓扑异构现象(topoisome)，即在保持DNA一级和二级结构不变的情况下，两条单链可以相互缠绕，形成不同的空间构型。 超螺旋发生的规律 Vinograd. J (1968) Vinograd equation L = T + W ~ (α = β + γ) L Linking number ( 双链DNA的交叉数) T Twisting number (双链DNA的缠绕数，初级螺旋圈数，即DNA分子中的Watson-Crick螺旋周数，其数值可直接在处于最稳定状态下的双链环形（或超螺旋形式）DNA中的实际螺旋周数计数得到，不一定是整数) W Writhing number (直观