1.生物信息学发展概括要素.ppt

测序数据分析流程 * 1. 数据预处理 数据文件 FastQ文件 比对结果 原始数据 FastQ文件 2. 序列比对 初步结果 3. 数据分析 进一步的结果 4. GO analysis ChIP-Seq RNA-Seq ChIA-PET 。。。 新一代测序数据分析软件包大全 /home.php?mod=spaceuid=252888do=blogid=694789 /wiki/Software * 总结 生物技术在迅速发展 生物信息学有广阔的前景 新一代测序数据的分析和研究将是目前的热点 * * 1958年 诺贝尔生理或 医学奖--- 胰岛素结构解析 1980年 诺贝尔化学奖 --双脱氧测序法发明者 * /news/oxford-nanopore-unveils-data-from-portable-genome-sequencer-1.14724 * Is the $1,000 genome for real? /news/is-the-1-000-genome-for-real-1.14530 * /newsinfo.asp?id=154 “十二五”生物技术发展规划（全文） * http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-1827/samples/ * 生物信息学进展 （1） 李国亮 2014-02-18 * 生物信息学 生物信息学 由生物、数学、物理、化学、计算机科学、信息科学等多学科交叉产生的新兴学科 研究生物信息的获取、存储、处理、分析、解释等 以数据为中心 常用生物信息包括：DNA/RNA序列、蛋白质序列、DNA/RNA分子结构、蛋白质结构、基因表达谱 经历阶段 前基因组时代（20世纪90年代前） 这一阶段主要是各种序列比较算法的建立、生物数据库的建立、检索工具的开发以及DNA和蛋白质序列分析等。 基因组时代（20世纪90年代后至2001年） 以人类基因组计划为代表，进行大规模的基因组测序，基因识别和发现，网络数据库系统地建立和交互界面工具的开发等。 后基因组时代（2001至今） 随着人类基因组测序工作的完成，各种模式生物基因组测序的完成，生物科学的发展已经进入了后基因组时代，基因组学研究的重心由基因组的结构向基因的功能转移。这种转移的一个重要标志是产生了功能基因组学，而基因组学的前期工作相应地被称为结构基因组学。 * 研究方法 以数据（库）为核心 数据获取 数据存储（数据库的建立） 生物学数据的检索 生物学数据的处理 生物学数据的利用：计算生物学 * 数据库 数据库的建立是生物信息学发展的基础。 目前国际上有三个主要的核苷酸、蛋白质的公共数据库 美国国立生物技术信息中心(NCBI,) 欧洲生物信息学研究所(EBI,http://www.ebi.ac.uk) 日本DNA数据中心(DDBJ,http://www.ddbj.nig.ac.jp) * 生物信息学研究方向 序列比对 序列分析 系统发育分析 功能基因组分析 基因表达数据分析 蛋白质功能分析 蛋白质结构分析 药物设计 等等 * 生物信息学的热点问题 生物调控元件的计算、设计、组装与应用等关键技术 研究开发个体基因组、群体基因组、个体化信息搜索引擎和各类新的生物学数据分析技术 研究基于个体组学数据的疾病风险分析、疾病诊治模型和系统研究 研究农业生物逆境胁迫相关数据挖掘与分析技术 建立国家生命科学、医药技术领域数据汇集、管理和共享技术平台 * 本课程侧重点 新一代DNA测序数据分析及其应用 各个不同研究方向的进展 * 测序技术的发展 吴瑞 Ray Woo（1928.08.14-2008.02.10） 1971年引物延伸法进行DNA测序成功 Frederick Sanger（1918.08.13 – 2013.11.19） a British biochemist who won the Nobel Prize for Chemistry twice 1975, dideoxy chain-termination method for sequencing DNA molecules (双脱氧链终止法) The first full DNA genome to be sequenced was that of bacteriophage φX174 in 1977 Source: /wiki/Frederick_Sanger /link?url=NMzsXjAjHCQ45O399A4870MiPoE9oVHuukTXmClUfz9CSMXdtvF0w2gkEh2zVnrh * 中美生物化学联合招生项目 吴瑞奖学金 高产转基因水稻 胰岛素结构解析 测序技术的发展 引物延伸法（1971）