丙型肝炎病毒高变区1氨基酸序列差异与丙型肝炎患者生化指标间的相关性分析.docVIP

丙型肝炎病毒高变区1氨基酸序列差异与丙型肝炎患者生化指标间的相关性分析 　　[摘要] 目的 研究丙型肝炎高变区1（HCV HVR1）氨基酸序列间的差异性以及此差异与生化指标间的相关性。 方法 以81例丙型肝炎患者氨基酸序列为材料，按照序列同源性进行分组，利用序列对比方法分析氨基酸的变异规律，同时利用生物信息学的手段分析氨基酸序列与丙型肝炎生化指标间的相关性。 结果 HCV HVR1氨基酸序列保守性差，其中aa17、aa21的芳香氨基酸丰度高；各个生化指标与序列差异具有一定的相关性，在各组中相关性不尽相同。 结论 在病理变化过程中，生化指标的改变不可作为患者体内丙型肝炎病毒氨基酸序列发生变异的标志指标。 　　[关键词] 氨基酸序列；丙型肝炎病毒；相关性；生化指标 　　[中图分类号] R512.6 [文献标识码] A [文章编号] 1673-7210（2013）06（c）-0004-03 　　丙型肝炎病毒（HCV）一直危害世界人类健康，约有75%的病毒感染者会发展成为慢性丙型肝炎，而其中又会有很大一部分人最终发展为肝硬化和肝癌[1]。HCV的E2区是整个HCV基因组中变异最大的部分，尤其是位于E2蛋白N端的约27个残基， 即HVR1（hypervariable region 1）。迄今为止，每一次分离得到的HCV病毒，该高变区序列均不相同。有许多证据表明，HVR1有很重要的B细胞的中和抗体表位[2]，内含数个线形表位和一个部分构象限制性表位。HVR1区域的高度可变性使得宿主在免疫压力的选择下，不断逃逸针对此前感染的HCV-HVR1抗体的中和作用，导致HCV慢性感染，这也是宿主免疫逃逸的重要原因之一。序列变异程度越大，病毒准种复杂程度越高，则干扰素疗效越差，发展为慢性感染的概率越高[3]。本实验对于HVR1氨基酸变异规律进行了分析，同时对于该变异性与丙型肝炎的临床生化指标之间的相关性，以及该变异性与细胞因子之间的相关性进行了深入分析，以找到判断丙型肝炎病程及愈后情况的相关指标。 　　1 资料与方法 　　1.1 一般资料 　　选择解放军第三〇二医院2005～2006年门诊或住院的慢性HCV感染患者66例，其中，男32例，女34例，年龄7～77岁，平均（51.5±18.5）岁，所有病例符合2000年西安全国第十次病毒性肝炎及肝病学术会议修订的《病毒性肝炎防治方案》慢性HCV感染诊断标准[4]。同时，所有患者均未合并其他肝炎病毒感染。 　　1.2 方法 　　1.2.1 利用OlympusAU600检测66例丙型肝炎患者的肝功能指标值，包括谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）、AST/ALT、总胆红素（TBIL）、直接胆红素（DBIL）、白蛋白（ALB）、球蛋白（GLO）、胆碱酯酶（CHE）。 　　1.2.2 以患者血清为模板，提取HCV RNA进行逆转录，然后在AG-600型DNA扩增仪上进行两轮巢式PCR循环，具体的PCR引物以及扩增条件参照本室之前研究结果[5]，最后利用PE310全自动遗传分析仪进行序列测定。 　　1.2.3 利用多序列比对的方法求出序列分类树，考虑到样本数量对统计结果的影响，从第三层按照序列同源性将所有样本划分为组。 　　1.3 统计学方法 　　使用SPSS 13.0统计学软件对各组内样本各生化变量与样本序列差异间的相关性进行皮尔森（Pearson）相关性分析。统计结果相关系数（r）≥0.8为高相关性；0.5≤r0.8为中相关性；0.3≤r0.5为低相关性；r0.3为非常低相关性，可以认为不相关。以P 0.05为差异有统计学意义。 　　2 结果 　　2.1 样品分组情况 　　按照序列同源性将样品划分为7组，分组情况见表1。根据结果，去除样本数5的组（第3组），分别讨论其余6组内样本各变量与样本序列差异间的相关性。 　　2.2 各组氨基酸序列 　　第1组样品数为564，其序列特征为：氨基酸序列保守性差，aa17、aa20的芳香氨基酸丰度高；第2组样品数为102，其序列特征为：aa1、aa7、aa8、aa19、aa24、aa25、aa27保守，aa20、aa21的芳香氨基酸丰度高；第4组样品数为384，其序列特征为：aa17、aa21的芳香氨基酸丰度高；第5组样品数为61，其序列特征为：aa21的芳香氨基酸丰度高（满）；第6组样品数为29，其序列特征为：芳香族氨基酸集中在aa17和aa21，其中aa21的芳香氨基酸丰度高（满）；第7组样品数为29，其序列特征为：芳香族氨基酸集中在aa21。见图1。 　　2.3 各组内样本各生化变量与样本序列差异间的相关性 　　第1组各生化变量与氨基酸序列差异之间的相关性低；第2组生化变量中除ALT、AST、TBIL、DBIL外，其