蛋白质工程第四章蛋白质结构预测.pptVIP

蛋白质可视化免费软件Pymol Pymol是强大的分子图形显示和基本特征测定系统。 Pymol可在/edu寻找链接下载 Pymol启动后显示双界面，对分子操作的常用命令界面，多种分析功能界面。 1. 图形界面左上侧列出主要的可操作对象并分成几个层次，包括所选对象、蛋白质、整体等； 2. 每个层次的对象有五种主要操作：动作(A: action)、显示(S: Show)、隐藏(H: hide)、标记(L: Label)、上色(C: Color)。 3. Dispaly下拉菜单中可显示蛋白质中每条肽链的序列和非蛋白质成分 ，鼠标左键单击序列选中特殊待操作的残基可同时显示对象所在位置 ；还可设置背景(论文中这类图一般用白色背景，而报告中常用黑色背景以增加视觉效果)； 4. Wizard中有对分子常用性质测定模块，包括距离、电荷等以及尝试进行蛋白质分子改造的功能。 蛋白质图形操作和性质测定 2、MMDB：/Structure 4.1 常用蛋白质数据库 蓝皮本 P164、P165 表6-1 橙皮本 P69 一、蛋白质序列数据库 二、蛋白质结构数据库 三、蛋白质结构分类数据库 三、结构分类数据库 参见P182 SCOP CATH PDBsum SCOP：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ SCOP（Structural Classifica