发育树构建的步骤.ppt

发育树构建的步骤 李荣 5. 以PCR为基础的rRNA及rDNA的分析方法 用于微生物群落结构分析的基因组DNA的序列包括：核糖体操纵子基因序列(rDNA)、已知功能基因的序列、重复序列和随机基因组序列等。 最常用的标记序列是核糖体操纵子基因(rDNA)。rRNA(rDNA)在细胞中相对稳定，同时含有保守序列及高可变序列，是微生物系统分类的一个重要指标。 实验原理 16S rDNA是基因组的“biomarker” – 核糖体RNA是蛋白质合成必需的，16S rDNA广泛存在于所有原核生物的基因组中。 – 16S rDNA的序列中包括保守区和可变区。 – 序列变化比较缓慢，与物种的形成速度相适应，而且一般不发生水平转移。 – GeneBank和RDPⅡ（Ribosomal DatabaseProject ）数据库中已经登录了超过97,128个经过比对和注释的16S rDNA序列，可供进行比对。 近年来又出现了一些其它的群落分析的方法，如变性/温度梯度凝胶电泳(DGGE/ TGGE)、单链构象多态(SSCP)、限制性片段长度多态(RFLP)、扩增rDNA限制性分析(ARDRA)和最近的末端限制性片段长度多态(T-RFLP)。所有这些方法都必须先提取和纯化群落DNA，再对16SrDNA进行PCR扩增。不同的方法可通过不同的方式对扩增产物进行分离和