《1.11-9-22生物信息学资源.pptVIP

复习: 提纲: 提纲: 模式生物基因组计划 酵母、线虫、果蝇、细菌、拟南芥、人类、水稻等共约50多种已完成，70余种正在进行。目前总量已达60亿碱基对！ Escherichia coli大肠杆菌 Saccharomyces cerevisiae酿酒酵母 秀丽线虫Caenorhabditis elegans一种透明的、生活在海滩泥沙中的小虫。 Drosophila melanogaster果蝇 Arabidopsis thaliana拟南芥 Oryza sativa水稻 提纲: 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 3大核酸数据库 基因组数据库的相关背景。 主要的基因组数据库资源。 重点介绍GenBank 三大基因数据库 GenbankGenbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。NCBI的网址是：。 EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，查询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/。 DDBJ数据库日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库，与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析。DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。 GenBank/ The National Institutes of Health NCBI Web Traffic 提纲: 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 与基因组有关的数据库还有dbEST, OMIM等， 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 与基因组有关的数据库还有dbEST, OMIM等， 提纲: Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. PDB（protein data bank） 1. 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； 2. 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管理; 3. 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； 4. 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测定方法、提交者信息、一级结构、二级结构等； PDB的网址：/pdb(美国) Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. /pdb Evaluation only. Creat