生物信息学实验教学大纲2014-1.docVIP

一．实验项目名称：核酸和蛋白质序列数据的使用 实验目的：了解常用的序列数据库，掌握基本的序列数据信息的查询方法。 教学基本要求：了解和熟悉NCBI核酸和蛋白质序列数据库，可以使用BLAST进行序列搜索，解读BLAST搜索结果，可以对蛋白质序列的结构域搜索，解读蛋白质序列信息，可以在蛋白质三维数据库中查询相关结构信息并进行显示。 实验内容提要：在序列数据库中查找某条基因序列（insulin），通过相关一系列数据库的搜索、比对与结果解释，回答以下问题： 1. 该基因的基本功能？ 2. 编码的蛋白质序列是怎样的？ 3. 该蛋白质有没有保守的功能结构域 (NCBI CD-search)？ 4. 该蛋白质的功能是怎样的？ 5. 该蛋白质的三级结构是什么？如果没有的话，和它最相似的同源物的结构是什么样子的？给出示意图。 实验类型：综合性 必修或选修：必修 使用的主要仪器：可以访问国际互联网的计算机。 二．实验项目名称：双序列比对 实验目的：练习使用动态规划算法进行双序列比对；理解打分矩阵和参数对双序列比对结果的影响；理解动态规划算法的原理。 教学基本要求：动态规划算法是序列比对最基本的算法，可以确保找到最优比对。分为全局比对（Needleman-Wunch algorithm）和局部比对算法（Smith-Waterman algorithm）。通过本实验的练习，更好的理解动态规划算法。