ACDLabs.docVIP

1. HF（及在此基础上引入关联能的方法）与DFT一起，都属于第一性原理。前者又属于从头算。按照量子化学的行规，从头算不包括DFT。这些在版上讨论过多次了。2. Xa是DFT的前身，属于叔侄关系，而非子父关系。3. 基组构成薛定谔方程的展开空间，而HF/DFT对应做了近似的薛定谔方程。对于把二者混到一起的做法（而且还专门放到DFT/Xa之下），HF表示鸭梨很大。4. 关于基组的各种讨论，基本没啥意义，或者，仅仅局限于Gaussian长期没怎么升级的基组库。第三条犯了个常识错误，改了。昨天，我很好奇，为什么只要有晶体结构就能计算出所有物理性质，而不基于任何实验？ 今天，我很惭愧，为什么教少的思考物理的本质和理论的基础，而把更多的精力都放在软件和计算？ 明天，为什么不把密度泛函和能带理论拿出来认真钻研？第一性原理这东西就好比是一朵玫瑰花，远看挺好的，花团锦簇，令人无限神往；近看呢，还凑和，有一股淡淡的香味，可谓赏心悦目；可等到你真正想把玩时，苦头有的你吃了，就等着被蛰吧；如果你想当大家，想种好一只玫瑰，呵呵，甘苦自知... 第一性原理虽然是当前主要的、基本的研究手段和方法，但是温度场的问题是其主要约束条件，如何在schrodinger方程基础上添加T函数，抛弃统计方法，单从计算角度解决，是第一原理未来迫切需要解决的问题。? ?随着计算机技术发展，第一原理应用越来越广泛，各种近似方法的出现，在当前许各个领域取得了显著成效，这是值得肯定的，也是我们坚持的理由。化合物pKa，用DS，薛定谔和ACD/Labs三种软件计算结果相差很大，该相信哪一个？还有DS里面给出两个pKa，我理解是一个是第一个是整个分子的，第二个是其中某原子的，是否可以这样理解？相信ACDLabs的吧。理解偏差，你的分子中含多个氮原子吧。ACDLabs 里面会有不同pH值的pKa，我也赞同使用ACDLabs的在线pKa预测！Schrouml;dinger提供致力于解决药物研究中挑战的完整软件套装。对于以结构为基础的药物设计，Prime是一款精确蛋白质结构预测软件包；Glide执行准确，迅速的配体-受体对接；Liaison预测结合与亲和力；QSite用来研究蛋白质活性区域内的反应机制；Schrouml;dinger还提供Phase用于作基于配体的药效建模，QikProp用于候选药物的ADME性状预测。另外，LigPrep是一款用于深度计算机分析配体库准备的快速2D至3D转换程序。最近，Schrouml;dinger还引入CombiGlide用于焦点库设计，引入Epik对生物环境中的配体质子化状态做精确枚举。此外，Schrouml;dinger还提供利用计算化学最新技术的产品。Jaguar，高性能初始量子力学组件，MacroModel，分子模拟领域最受信赖的名字，已经广泛地应用于从材料到生命科学等全面的化学研究中。Strike是一款用于检查组织性能关系的化学方法统计程序包。Maestro是所有Schrouml;dinger计算机程序的用户接口，提供提供强大、充分集成的分子的显现和分析环境。Schrodinger方程说的是：体系分为动能和势能：H=T+V这是一个算符，求解体系的性质需要解Schrodinger方程：H\psi=E\psi传统量化思想是，此方程式绝对的，波函数是近似的。通过不断改进波函数，可以得到精确解。此种方法包括CI，MP，CC等。DFT反其道而行之，认为真实体系存在一个以单Slater行列式描述的模型体系与之对应，此模型体系的波函数是绝对的，波函数跟真实的体系不同，但是密度\rho跟真实体系相同。系统的Hamiltonian是近似的，通过寻找足够好的哈密顿算符，可以得到精确解。显然哈密顿算符里，动能项没啥好改的，粒子间库伦作用势也不能变。所以就增加一项交换关联项，认为此项弄好了，就会得到真实体系精确的性质。比如基态能量。就好比一件棉袄，你可以先做前后两片，再缝起来成一件衣服；也可以先做好袖子、领口、身子，再拼成一件衣服。DFT和其他量化计算方法在基组无穷大、交换关联势绝对真实的理想状况下是等价的。楼主关于密度泛函理论的上评述虽不能说是主流观点，但毫无疑问是被许多人认可的。这里只想补充说明一点，即该观点不是基于Hohnberg-Kohn定理的，而是基于Kohn-Sham的一个假设，即“可以将有相互作用的体系映射到一个无相互作用的体系而保持电子密度不变”。这个假设不仅是无法证明的，还与Hohnberg-Kohn定理有潜在的冲突！因为Hohnberg-Kohn定理证明，对于非简并的N电子体系，其基态电子密度唯一地决定了体系的外部势(可能相差一个无关紧要的常数)，而问题恰恰在于那个无相互作用的N电子体