[肽的二级结构.docVIP

肽的二级结构是指肽链中主链原子的局部空间排布，即构象，一般不涉及侧链部分的构象。二级结构是完整肽链构象的基础，故也称为构象单元。各类二级结构的形成几乎全是由肽链骨架中的羰基上的氧原子和亚氨基上的氢原子之间的氢键所维系。其他的作用力如配位键、范德华力也有一定作用。某一肽段或某些肽段间的氢键越多，它们形成的二级结构就越稳定，即二级结构的形成有一种协同趋势。肽的二级结构包括有规律的螺旋结构和β-片层，部分规则的转角和Ω环以及无需结构等。???? 1.肽键平面（或称酰胺平面）???? Pauling等人对一些简单的肽及氨基酸的酰胺等进行了X线衍射分析???? （1）肽键中的C-N键长0.132nm,比相邻的N-C单键（0.147nm）而较一般C=N双键（0.128nm）长，可见，肽键中-C-N-键的性质介于单、双键之间，具有部分双键的性质，因而不能旋转，这就将其固定在一个平面之内。???? （2）肽键的C及N周围三个键角之和均为360°，说明都处于一个平面上，也就是说留个原子基本上同处于一个平面，这就是肽键平面。肽链中能够旋转的只有α碳原子所形成的单键，此单键的旋转决定两个肽键平面的位置关系，于是肽键平面成为肽链盘曲折叠的基本单位。???? （3）肽键中的C-N既然具有双键性质，就会有顺、反不同的立体异构，已证实CO和NH处于反位。????? 2.蛋白质主链构象的结构单元????? （1）螺旋?????? 螺旋是一种广泛存在的二级结构元素，多肽主链骨架围绕一个轴螺旋状上升，被平行于螺旋轴的分子内氢键所稳定。一个螺旋的特征可用每圈螺旋的氨基酸残基数量、螺旋的高度和分子内氢键形成的“环”中的骨架原子数量来描述。如果每一圈螺旋所包含的氨基酸残基数是整数，则这种螺旋就称为整数螺旋；如每圈的残基数是非整数，则这种螺旋称为非整数螺旋。对于每一圈螺旋中原子数目由简便的计算公式：N=3n+4,其中N代表每圈螺旋中的原子数目，n为每圈螺旋包含的肽键数目。????? 多肽主链的螺旋结构以α-螺旋最为常见。它是由Pauling和Corey基于对α-角蛋白质的X射线衍射图谱的理论研究而提出的。 α-螺旋结构也称为3.613螺旋，其结构特点如下：??? ①多个肽键平面通过α-碳原子旋转，相互之间紧密盘曲成稳固的右手螺旋；??? ②主链呈螺旋上升，每3.6个氨基酸残基上升一圈，相当于0.54nm,残基高度0.15，螺旋半径0.23nm，扭角甲φ=57o、ψ=47o；??? ③相邻螺旋间形成链内氢键，即每个肽单位的亚氨基的氢原子与前方第三个肽单位上羰基的氧原子形成氢键，氢键的取向与螺旋几乎平行。肽链所有-NH和C=O都按照此方式形成链内氢键，是维持α-螺旋的主要力量。??? ④一个氢键封闭环包含13个原子，α-螺旋允许所有这些原子在氢键封闭环中，肽链中氨基酸侧链R分布在螺旋外侧，其形状、大小及电荷影响α-螺旋的形成。酸性或碱性氨基酸集中的区域，由于同电荷相斥，不利于α-螺旋形成；较大的R集中的区域，也妨碍α-螺旋形成；脯氨酸因其α-碳原子位于五元环上，不易扭转，加之它是亚氨基酸，不易形成氢键，故不易形成上述α-螺旋；甘氨酸的R基为H，空间占位很小，也会影响该处螺旋的稳定。??? （2）β-片层???? β-片层，又称为β-折叠是肽链主链另一种较伸展的有规则的构象，但并不安全伸展。其特点是：?? ①肽链平面之间折叠成锯齿状，相邻肽键平面间呈110o角。氨基酸残基的R侧链伸出在锯齿的上方或下方。?? ②依靠两条肽链或一条肽链内的两段肽链间的C=0与HN形成氢键，使构象稳定。?? ③两段肽链可以是平行的，也可以是反平行的。即前者两条链从“N端”到“C端”是同方向的，后者是反方向的。β-片层结构的形式十分多样，正、反平行能相互交替。?? ④平行的β-片层结构中，两个残基的间距为0.65nm；反平行的β-片层结构，则间距为0.7nm。??? 几条肽链或同一肽链自身回折的两股肽段，平行排列成β-片层结构。从N-端或C-端同方向排列的称为顺向平行，反之称为反向平行。相邻平行的肽链之间的-NH和C=0形成氢键。顺向平行的氢键间隔一致，但交错倾斜；反向平行的氢键间隔有疏有密，但-NH和O三个原子在同一直线上，故氢键最强，比顺向平行稳定。R侧链则交替于肽平面的上方和下方，并与肽平面交线几乎垂直，避免相邻侧键间的空间位阻。???? 对已知结构的蛋白质的统计研究表明，具有β支链的氨基酸和芳香氨基酸最常见于β折叠中，而甘氨酸和脯氨酸不适于形成β折叠。氨基酸形成β折叠的倾向性可能更多地反映了疏水性的需要。???? （3）转角????? 在多肽链中，经常见到约180o反折结构，这样的结构称为转角，或回折。转角也存在于小肽中，虽然不是必需的，它常被