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7.2 与生物芯片制备相关的微加工技术 一提起“生物芯片”，人们很自然就会联想到近几十年来曾使我们的生产和生活发生重大变化的集成电路芯片，因此也常常把它理解为一种利用生物分子实现计算和数据处理功能的芯片。的确有不少人在进行这种生物计算机的研究，但我们这里所说的生物芯片是指目前发展非常迅速的一项热门技术。它与集成电路芯片有着本质区别：它处理的并不是电信号，也不具有运算功能，而是一种以生物分子为处理对象、执行生化分析检测的微型设备。不过二者还是有很密切的联系，除了都有集成化、微型化、可对信号进行并行处理等特点以外，它们在制作工艺和材料方面也很相似。生物芯片的制备所依赖的正是集成电路工业中应用十分成熟的光学光刻技术（photolithography）和微机电系统(Micro Electromechnical System, MEMS)及其他精密仪器加工中所采用的各种微细加工方法，如反应离子刻蚀(Reactive Ion Etching)、LIGA(Lithograghie, Galvanoformung und Abformung) 技术 、激光切削/打孔（Laser Ablation/Drilling）、压模（Imprinting Method）, 微注塑（Microinjection Molding），热塑（Hot Embossing）等等[1]，在这里我们把它们统称为微加工（Microfabrication）技术。 简单地说，生物芯片是指能对生物分子进行快速并行处理和分析的厘米见方的固体薄型器件[2]。按其结构及工作机理可将其分为微阵列芯片（Microarray chip）和微流体芯片(Microfluidic chip)两大类[3]。微阵列芯片是将基因的片段（DNA或RNA）、蛋白质（如抗体）、细胞组织等生物样品，以微点样技术或其它技术固定在玻璃片等基片上制作形成的。而微流体芯片则是微阵列芯片的延伸（有人将微阵列芯片称为第一代生物芯片，而将微流体芯片称为第二代生物芯片），它通过在玻璃、塑料、硅片等基底材料上加工出用于生物样品分离、反应的各种微结构以及用于液体样品输运和控制的微泵、微阀等器件，将生命科学中许多不连续的过程如样品制备、化学反应和分离检测等步骤移植到芯片中并使其连续化和微型化，以获得所谓的微型全分析系统（Micro Total Analytical System，μTAS）或缩微芯片实验室（Lab?–on-a-chip）。两种芯片技术之间虽有少量交叉，但基本经历了各自独立的发展过程。下面将对这两种芯片的制备技术分别进行介绍。 生物芯片常用材料 由于生物反应多种多样，而不同的生物反应需要在不同的材料中进行，为了能够在芯片上完成这些反应，制作芯片的材料就必须多种多样，如硅、玻璃、塑料以及陶瓷等[4]。这其中，硅是比较常用的一种材料，这是由于在微电子领域，人们已经摸索出了一整套成熟的硅加工工艺。对于需要温度控制的生物反应，例如聚合酶链式反应（polymerase chain reaction, PCR），链置换扩增（strand displacement amplification, SDA）等，由于硅具有良好的导热性，更是成为人们的首选。但是硅的缺点是不透明，不利于光学检测，并且具有一定的导电性，尤其是具有比较强的表面非特异性吸附。因此在制作毛细管电泳芯片时，人们一般不选用硅，而选用玻璃或者塑料。同时在使用生物芯片时，必须考虑到生物相容性问题，而玻璃、塑料表面所具有的各种功能基团使其很容易进行化学修饰，从而使其生物兼容性大大提高。再加上玻璃和塑料的价格相对较便宜，加工也比较方便，因此有许多种芯片是用玻璃或者塑料制作的[5] [6]。 7.2.2微阵列芯片制备中的微加工技术 微阵列芯片制备的关键是组成微阵列的生物分子探针的制备及固化。目前 探针制备的基本方法大致有原位合成法（光刻原位合成，分子印章原位合成等）和合成点样法（点接触法，喷墨法等）[7]。 美国Affymetrix公司采用的半导体光刻原位合成法[8]，是把半导体工业中的光刻技术和DNA的化学合成方法相结合，把光不稳定保护基团保护的四种DNA模块固定在玻片上，通过光脱保护，由少量的保护寡核苷酸和试剂按照设计的序列进行DNA合成。 该方法的主要优点是可以用很少的步骤合成大量的探针阵列，合成速度快。例如：合成48（65536）个探针的8聚体寡核苷酸全序列仅需要4×8＝32步，8小时就可以完成，而如果用传统方法合成然后点样，则工作量的巨大是不可思议的。同时，用该方法合成的探针阵列密度可高达106/cm2。但它也存在一些缺点，如合成反应产率较低，不到95％以上；探针长度较短，且每步去保护不很彻底，会导致杂交信号比较模糊，信噪比降低，为此有人用电子射线核酸作为保