第一节分子生态学研究报告.ppt

分子生态学概述（Molecular Ecology） 分子生态学是用DNA和蛋白质的特征, 研究物种的进化、演化及种群生物学。 内涵：在满足下列假设的条件下，生物种群的等位基因频率和基因型频率世代间保持不变。 （1）有性繁殖并随机交配； （2）等位基因在雌雄两性中随机交配； （3）种群足够大； （4）世代不重叠； （5）没有自然选择、突变和迁移。 分子生态意义：作为基本判别假设和理论基础（遗传标记方法） 4、分子环境遗传学 内切酶解 酶解DNA片段 总核DNA 双链人工接头 连接 特异标记引物 PCR 限制性片段差异 优点：需DNA量少；多态性丰富；重复性好； 缺点：（1）探针用放射性同位素标记有危害； （2）对样品DNA质量要求高；多态片段中有共显性表达现象。 扩增限制性片段长度多态性分析技术(AFLP) 2、基于DNA的方法 三、 分子生态学的研究方法 ~10bp寡核苷酸随机单引物 核DNA PCR 电泳分离 优点：（1）技术通用，一套引物可用于不同物种；（2）简单高效快速；（3）需样量少； 缺点：重复性差，对实验条件极敏感；有假阳性和假阴性结果；显性标记，不能提供完整的遗传信息。 随机扩增多态性DNA技术（RAPD） 2、 基于DNA的方法 三、 分子生态学的研究方法 微卫星重复序列区 非重复特异序列区 根据特异序列设计引物 PCR DNA 电泳 位点特异性微卫星分析法 微卫星标记（SSR） 2、基于DNA的方法 三、 分子生态学的研究方法 优点：简单易行； PCR重复稳定；可用于多种遗传性分析。 2、基于DNA的方法 三、 分子生态学的研究方法 内嵌微卫星标记ISSR (inter-simple sequence repeat) 优点：所需DNA模板的量少、多态性丰富、结果记录方便、实验成本低、稳定性较高。 缺点：PCR 扩增最适反应条件需要摸索。 2、基于DNA的方法 三、 分子生态学的研究方法 单核苷酸多态性 (Single nucleotide polymorphism, SNP) 指同一位点的不同等位基因之间个别核苷酸的差异，这种差异包单个碱基的缺失或插入，更常见的是单个核苷酸的替换，且常发生在嘌呤碱基(A 与G) 和嘧啶碱基(C 与T) 之间。可帮助区分两个个体遗传物质的差异，被认为是应用前景最好的遗传标记。 特点： SNP数量多，分布广泛且高度稳定。 SNP适于快速、规模化筛查，易于基因分型等。 SNP的检测方法 三、 分子生态学的研究方法 2、基于DNA的方法 高 较高 中等 较低 较低 高 实验成本 多 中等 少 少 少 多 所用时间 高 高 高 高 低/中等 高 可靠性 不用 常用 可不用 不用 不用 常用 同位素使用 高 中等 低 低 低 高 技术难度 高 较高 高 较高 较高 中等 多态性 共显性 共显性/显性 共显性 共显性/显性 多数共显性 共显性 遗传特点 基因组 基因组 基因组 基因组 基因组 低拷贝序列 基因组分布 高 高 中高 低 低 高 DNA质量 SNP AFPL SSR ISSR RAPD RFLP 标记应用 表3-1 常用分子标记技术特征的比较 三、 分子生态学的研究方法 三、 分子生态学的研究方法 2、基于DNA的方法 线粒体DNA标记 优点： （1）母性遗传，无重组；（2）容易设计保守性通用引物； （3）有效单倍性，即细胞中各线粒体的DNA拷贝的遗传组成等同； （4）哺乳动物线粒体DNA的进化速率约为核DNA的10倍（植物的进化速率很低且基因重组频繁）。 缺点： 不少物种的核基因组存在与线粒体DNA同源的线粒体假基因，干扰线粒体DNA标记的使用。 叶绿体DNA标记 优点： （1）大部分为母性遗传；（2）进化速率小，适合种以上水平的系统发生研究。 缺点： （1）不太适合种内遗传变异的研究； （2）由于存在一些父性遗传和双亲遗传的情况，其有效单倍性需要具体分析。 三、 分子生态学的研究方法 3、种群遗传学中选择分子标记的基本原则： 共显性标记（能检测出显性和隐性等位基因，能够区分纯合和杂合基因型的遗传标记）； 适合于当前研究要求的多态性水平； 对于比较复杂的研究问题或是研究对象最好选择一个以上的标记系统。 4、种群遗传学中选择分子标记时的基本检验 ： 是否每个所研究的种群都在Hardy-Weinberg 平衡中，即确定纯合子和杂合子的预期值与试验检测的等位基因频率是否相一致； 是否符合连锁平衡，即不同位点上的等位基因共分离。 一、分子生态学的产生与发展 二、分子生态学的理论基础 三、分子生态学的研究方法 四、分子生态学的研究实例及展望 目 录 1. 保护遗传学 遗传恢复 引进“新鲜血液”能恢复近交小种群