首医-RNA详解.ppt

张德安,张今：试论空间编码 “通过t-链段R1与其密码子相对应，R2与核酸碱基的特异相互作用，以及一些沿革的立体化学限制，保证蛋白质以其立体特异位点，精确地识别出核酸的特定位点，与之密切地相互作用。” 同DNA复合的立体特异位点中二级结构模式图 a.两个反平行肽链段以氢键结合，形成gt(a)和gg(b)双股多肽螺旋。 空间编码性质： 简并性 通用性 RNA空间编码 郑晓飞.RNA空间编码探析，2014,34(4):479-483 RNA空间编码：RNA与其他分子特异相互作用中，RNA的控制位点与其相应的作用分子立体特异位点之间的直接结构互补性。 RNA空间结构同线性结构一样包含着重要生物信息。RNA空间编码蕴含了RNA功能信息。 RNA空间编码 RNA空间编码存在的基础 1.RNA中有近百种修饰核苷酸 包括：修饰碱基、修饰核糖、碱基与核糖连接方式异构 (修饰核苷通过改变碱基配对位置、除去氢离子来源、通过修饰基团的 位阻作用、推电作用或吸电作用、改变结构柔性和形成新的氢键等多 种方式影响RNA的高级结构) 2.RNA以单链形式存在，碱基配对方式丰富、复杂。RNA碱基的配对方 式有12类100多种形式。 包括：顺、反式Watson-Crick/Watson-Crick碱基对 顺、反式Watson-Crick/Hoogsteen碱基对 顺、反式Watson-Crick/核糖对 顺、反式Hoogsteen/Hoogsteen碱基对 顺、反式Hoogsteen/核糖对 顺、反式核糖对/核糖对 RNA空间编码 RNA空间编码存在的基础 3. RNA二级结构元件丰富 包括：单链、双链、错配、发夹、内部环、突环、两茎连接和四茎连接 (二级结构元件组合形成多样的二级结构，RNA链的再次折叠并形成复杂 的三级结构) 4. RNA三级结构元件复杂多样 包括：假结结构、环-环结构、三链结构和螺旋-环结构 5. RNA形成四级结构 6. RNA结构与环境 包括：溶液、金属离子 RNA的线性信息不足以承载多样的功能和任务，只有“空间信息”才有足够的信息量完成精细的调控功能。 RNA空间编码 RNA空间编码性质 1.简并性 2.通用性 3.动态性 4.重叠性 5.间隔性 6.方向性 RNA空间编码意义 1.生物信息多样性 2.生命网络复杂性 3.lncRNA功能分子基础 4.生命起源-空间编码信息早于线性编码 5.疾病新机制 6.疾病诊断、治疗新靶分子 7. …… RNA空间编码:人脑信息处理 美国“脑计划”：推进创新神经技术脑研究计划 人类大脑拥有1000亿个神经元 100万亿个神经突触 欧盟人脑研究项目：在巨型计算机上对人脑建模 大脑对信息具有无与伦比的压缩能力。比如图片，只要一行文字，加一个超低分辨率的图像，大脑就能基本还原出原来的景象。 视觉信息量：每分钟194GB ，每天116833.05GB。 听觉信息量：每秒96k，每天10.54GB。 （人一天接收信息量用计算机标准衡量）  RNA空间编码:人脑信息处理 生物信息特点：消耗极少能量和物质即可产生极大生物效应。 超级计算机耗能是生物体所不能接受的。 配置中央处理器处理核心的亿亿级超级计算机耗能约20亿瓦特，相当于一个中等规模的原子能核工厂的耗能。 一维编码承载不了巨量信息和信息处理 三维视觉传感技术 RNA空间编码:人脑信息处理 分子生成、降解、相互作用 分子构象改变 蛋白质 DNA RNA + RNA 结构 RNA 和RNA结构(RNA空间编码)是记忆信息的载体，特别是瞬时记忆和短期记忆的载体 DNA RNA 蛋白质 基因组学 RNA组学 蛋白质组学 RNA组学（RNomics） 研究生物体内所有RNA的时空表达谱及其生物学涵义的学科。 RNA机器 Science.2008, 319:1787-1789 致谢:资料来源于杂志和网络。 * Highlights Conserved intron retention (IR) affects 86 genes during granulopoiesis IR is linked to reduced splicing factor levels and increased intronic GC content IR triggers nonsense-mediated decay that reduces protein expression Preventing IR in