第4节蛋白质的高级结构(3学时)要点.ppt

第四节 蛋白质的空间结构 本节主要内容 概述 Ⅰ蛋白质的二级结构 Ⅱ 超二级结构和结构域 Ⅲ蛋白质的三级结构 Ⅳ 蛋白质的四级结构 概述 1 研究蛋白质构象的方法 1.1 X射线衍射法 1.2 研究溶液中蛋白质构象的光谱学方法 紫外差光谱 荧光和荧光偏振 圆二色性 核磁共振(NMR) 拉曼光谱学 光散射 2、稳定蛋白质三维结构的作用力 3、多肽主链折叠的空间限制 3.1 肽键 C α1 和C α2在平面上的位置为反式构型C-N键的键长为0.132nm，介于单键（0.149nm）和双键（0.127nm）的键长之间，具有部分双键性质，不能自由旋转。 3.2肽平面（肽单元） 肽键中的C、H、O、N四个原子与它们相邻的两个α碳原子（即-C α1 -CO-NH-C α2-六个原子)都处在同一个平面上，这个平面称为肽单元或肽键平面或酰胺平面。 二面角 Ⅰ蛋白质的二级结构 1 概念 多肽链主链骨架中若干肽段各自沿着某个轴盘旋或折叠,并以氢键维持,从而形成有规则的构象,如α-螺旋,β-折叠,β-转角,不包括R侧链的构象.维持二级结构稳定的化学键是氢键 2 形成二级结构的原因 3 二级结构的四种形式(结构元件或基本内容) 3.1 α-螺旋结构(3.613-螺旋,α- helix) 3.2 β-折叠(β-结构; β-构象,β-pleated sheet) 3.3 β-转角(β-弯曲;U形回折;链回转β-turn) 3.4 无规卷曲(无规线团结构;自由回转,random coil,coil) 3.1 α-螺旋结构(3.613-螺旋) Pauling和Corey于1965年提出右手螺旋结构。 结构要点： 1） ψ=-570 φ=-470 2) 螺旋的每圈有3.6个氨基酸，螺旋间距离为0.54nm.每个残基沿轴旋转100°，沿轴上升0.15nm； 3)R侧链基团伸向螺旋的外侧，不计侧链，螺旋直径约0.5nm。 4）相邻螺圈之间形成氢键,氢键的取向几乎与螺旋轴平行.氢键是由每个肽基的C=O与其前面第3个肽基的N—H之间形成的.由氢键封闭的环是13元环. 因此， α－螺旋也称3.613螺旋。 5)蛋白质中的α－螺旋几乎都是右手的. 氢键的形成 6)一条肽链能否形成α－螺旋以及形成的α－螺旋是否稳定与它的氨基酸组成和序列有极大的关系. Pro的N上缺少H，不能形成氢键，经常出现在α-螺旋的端头，它改变多肽链的方向并终止螺旋。 3.2 ?-折叠（ ?-pleated sheet） （1） ?-折叠是由两条或多条几乎完全伸展的肽链平行排列，通过链间的氢键交联而形成的。肽链的主链呈锯齿状折叠构象 （2） ?-碳原子总是处于折叠的角上，氨基酸的R基团交替分布在片层的两侧。 C?-C ? 键几乎垂直于折叠片平面。两个氨基酸之间的轴心距为0.35nm或0.325（完全伸展时为0.36nm ）. （3）?-折叠结构的氢键主要是由两条肽链之间形成的；也可以在同一肽链的不同部分之间形成。几乎所有肽键都参与链内氢键的交联，氢键与链的长轴接近垂直。 4）Φ= —139o ;ψ=＋135o （反平行折叠） Φ= —119o ;ψ=＋113o （平行折叠） β—折叠较为伸展。 5）?-折叠的两种类型。一种为平行式，即所有肽链的N-端都在同一边。另一种为反平行式，即相邻两条肽链的方向相反。大量存在于丝心蛋白和?-角蛋白中 3.3 β-转角 在?-转角部分，由四个氨基酸残基组成; 1)弯曲处的第一个氨基酸残基的 -C=O 和第四个残基的 –N-H 之间形成氢键，形成一个紧密的环状结构。 2)某些氨基酸如脯氨酸和甘氨酸经常在β-转角序列存在. 3) β-转角多数处于蛋白质分子中表面。 β-凸起 是一小片的非重复性结构，能单独存在，大多数作为反平行β-折叠的一种不规则情况存在。 β-折叠股中额外插入的一个残基，它使得在两个正常氢键之间、在凸起折叠股上是两个残基，而另一侧正常股上是一个残基。 3.4无规卷曲(random coil) 泛指那些不能被归入明确的二级结构如折叠或螺旋的肽区段, 是一种无确定规律的松散肽链结构,。 这类有序的非重复性结构常构成酶的活性中心和其他蛋白质特异的功能部位. 4、纤维状蛋白质 4.1 α-角蛋白及β-角蛋白 P212-215 4.2 胶原蛋白 P215-218 4.3 肌球蛋白、肌动蛋白和原肌球蛋白 4.4 肌纤维结构P280 4.2 胶原蛋白 4.3 肌球蛋白的分子结构 肌动蛋白和原肌球蛋白 粗丝与细丝 Ⅱ超二级结构和结构域 1超二级结构(super-secondary structure) 1.1 含义P220 超二级结构是由若干相邻的二级结构元件（主要是α-螺旋和β-折叠）组合在一起，彼此相互