9分子进化和系统发育.ppt

第三节 系统发育树构建及应用 软件名称 网址 说明 PHYLIP /phylip.html It includes programs to carry out parsimony, distance matrix methods, maximum likelihood, and other methods on a variety of types of data, including DNA and RNA sequences, protein sequences, restriction sites, 0/1 discrete characters data, gene frequencies, continuous characters and distance matrices. PAUP / It includes parsimony, distance matrix, invariants, and maximum likelihood methods and many indices and statistical tests. Tree of Life /tree/program/program.html Arizona大学开发的软件 MEGA 美国宾州州立大学Masatoshi Nei开发(It carries out parsimony, distance matrix and likelihood methods for molecular data.) 软件名称 网址 说明 MOLPHY http://www.ism.ac.jp/software/ismlib/softother.e.html#molphy 日本国立统计数理研究所开发。(Carrying out maximum likelihood inference of phylogenies for either nucleotide sequences or protein sequences.) PAML http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html 英国伦敦学院Z. H. YANG开发。(A package of programs for the ML analysis of nucleotide or protein sequences.) PUZZLE ftp://fx.zi.biologie.uni-muenchen.de/pub/puzzle 应用Quarter puzzling方法（一种最大简约法）构建系统发育树 TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html A program for displaying trees on Apple Macs and Windows PCs. It can draw rooted and unrooted trees, display bootstrap values, and supports the native font and graphics file formats of both Macs and PCs. phylogeny http://www.ebi.ac.uk/biocat/phylogeny.html EBI的系统发育树分析软件 / 进一步阅读： * * * 1、最小二乘法 目标是构造一棵树T，该树的叶节点代表物种，用该树预测物种之间的距离。通过优化，使下式最小化：  这里，Dij为物种i和j的实际观察距离（或序列之间的计算距离），dij是物种i和j在系统发生树T 中的距离，Wij是与物种i和j相关的权值。SSQ（T）是树T所有预测值与实际观察值偏差的累加和。权值Wij一般为1，或 Wij =1/ Dij2 例，如果有三个分类单元，其两两距离如下：dab = 0.5; dac = 0.9; dbc = 0.9 假设分类单元a和分类单元b的分歧起始时间是相同的，根据分子时钟假说，dau 和 dbu 的值应该是相等的，进一步假设节点u到其它节点的距离相同，则通过求解方程，得到如图6.2所示的一棵树。 但是，在实际应用中，所要处理的分类单元可能很多，因而，需要求解的线性方程也很多，难以求解，或者方程组的求解过程存在着不确定性。因此，需要采用数学逼近的方法。 连锁聚类属于一般的聚类分析方法，当用来构建系统发生树时，其假定的前提条件是：在进化过程中，核苷酸或氨基酸的替换速率是均等且恒定的，在每一次分歧发生