高梁甲基化和微卫星标记遗传连锁图谱的构建.doc

高梁甲基化和微卫星标记遗传连锁图谱的构建 【摘要】：高粱(Sorghumbicolor(L.)Moench)是全球第五大类禾谷类作物,具有C4植物的高光效特征,在干旱、半干旱地区的农业生产中占有极其重要的位置,高粱基因组相对较小(750Mbp),遗传多样性丰富,被认为是禾谷类作物比较基因组研究的模式基因组之一。近年来,通过对高粱基因组的研究,在高粱重要基因的定位与克隆、杂种优势利用、分子标记辅助育种等方面都取得了很大进展,然而对其基因组基因表达调控、DNA甲基化位点分布、DNA甲基化水平变化及甲基化遗传模式的研究却相对较少。DNA甲基化是一种表观遗传(epigenetic)现象,是生物在发育过程中基因表达调控的一种重要方式。它不仅参与基因的表达调控、胚胎发育,还参与基因组印迹、细胞分化、X染色体失活和细胞记忆等诸多生物学过程。DNA甲基化可遗传,也可发生逆转,而且存在特定的动态变化模式。在植物的很多生命过程中,DNA甲基化也起着重要的调节作用,为研究植物基因组DNA甲基化位点分布和DNA甲基化水平变化,利用对DNA甲基化敏感程度不同的同裂酶和在AFLP技术基础上发展而来的甲基化敏感扩增多态性技术(methylation-sensitiveamplifiedpolymorphism,简称MSAP),构建植物的甲基化连锁图谱,可以检测全基因组范围内胞嘧啶甲基化位点及模式变化,可以进一步探讨DNA甲基化与植物杂种优势、转基因植物沉默、甲基化模式变化与基因表达调控的关系,为DNA甲基化研究提供理论依据。本研究选用高粱品种B2V4×1383-2杂交组合获得的F2分离群体(共150个体)为材料,以SSR标记为锚定标记,采用SSR和MSAP两种分子标记技术,构建高粱甲基化连锁图谱,并分析其上的甲基化位点,获得如下结果：1.采用MSAP标记可以快速、有效地构建植物基因组甲基化标记的连锁群或连锁图谱。结果表明：1)利用Mapmaker/Exp(Version3.0)作图软件,分析EcoR／Msp酶切组合所得实验数据,构建出高粱的7个甲基化连锁群,覆盖高粱染色体长度为227.8cM,包含57个EcoR／Msp酶切位点,在连锁群SBI-02-1(M)上有1个密集的甲基化位点区域。2)利用Mapmaker/Exp(Version3.0)作图软件,分析EcoR/HpaⅡ酶切组合所得实验数据,构建出高粱的8个甲基化连锁群,覆盖高粱染色体长度为332.2cM,包含64个EcoR/HpaⅡ酶切位点,在连锁群SBI-02-1(H)上也有1个密集的甲基化位点区域。3)利用Mapmaker/Exp(Version3.0)作图软件,分析2种酶切组合所得实验数据,构建出高粱的10个甲基化连锁群,覆盖高粱染色体长度为401.4cM,包含52个EcoR／Msp酶切组合位点,50个EcoR／Hpa酶切位点,在连锁群SBI-和SBI-上各有1个较密集的甲基化位点区域。2.基于同一酶切的高粱亲本间有多态性差异,F2存在分离,分析高粱亲本与杂交种F1的甲基化模式。结果表明：1)高粱亲本之一和杂交种F1有识别相同酶切组合的甲基化位点。亲本之一出现的带在F1中也检测到,有54个这样的甲基化位点被定位到图谱上,其中24个来自于EcoR／Msp酶切组合,30个来自于EcoR／Hpa酶切组合。2)高粱亲本之一存在识别EcoR／Msp或EcoR／Hpa酶切组合的甲基化位点。但亲本之一出现的带在F1中没有出现,有67个这样的甲基化位点被定位到图谱上,其中33个来自于EcoR／Msp酶切组合,34个来自于EcoR／Hpa酶切组合。3)与高粱亲本相比较,杂交种F1基因组的部分位点发生去甲基化反应,甲基化水平降低,而另一些基因位点则表现高度的甲基化,甲基化水平提高。3.MSAP标记也可和其它分子标记相结合,快速、有效地构建对应于该植物染色体基因组甲基化标记的连锁群或连锁图。结果表明：1)以SSR标记为锚定标记,利用Mapmaker/Exp(Version3.0)作图软件,构建出对应于高粱10对染色体的甲基化连锁图。该图谱包含11个连锁群,122个甲基化位点,29个SSR标记位点,覆盖高粱基因组483.6cM。2个标记间的平均图距为3.2cM,平均连锁群长度为22.7cM。在122个甲基化位点中,有89个来源于EcoR／Msp酶切组合,33个来源于EcoR／Hpa酶切组合。2)与Menz等(2002年)构建的高粱分子遗传图谱相比较,29个SSR标记中27个标记是2个图谱所共有的,各个标记与连锁群的对应关系及标记在连锁群上的线性顺序基本一致,另有2个标记(Xtxp98、Xtxp160)是Menz等所构建图谱中没有定位的。3)连锁图上存在3个较密集的甲基化位点区域,位于Xtxp296标记、Xtxp69、X