第3章-2D构型图chemdraw2范例.ppt

第三章 ChemDraw化学作图软件 1、软件介绍 ChemDraw是ChemOffice中使用最为频繁的组件，是国际上绝大多数杂志指定的论文排版软件，为不同的杂志备有不同的模板，应用最为广泛。 其理念是“化学家能懂的，ChemDraw也应该懂”。 例子 ChemDraw 练习 1 ChemDraw 练习 1 ChemDraw 练习 2 例： （1）绘制轨道能级图 反应式的分析 分析结果 Template的使用 Chemdraw练习4 B、Fischer葡萄糖结构图 B、Fischer葡萄糖结构图 选择键工具；连续单击生成五连键 B、Fischer葡萄糖结构图 建立与五连键垂直的水平键 B、Fischer葡萄糖结构图 在原子上定位建立标记 C、透视图形 在原子上定位建立标记 C、透视图形 选择黑体楔键 单击下部两侧键的中央 C、透视结构式 选择黑体键 单击底键的中央 课堂习题： ChemDraw 练习 2 （1）将三种结构式用表格功能排版 (3) 绘制肽键和肽的几何形状 （2）镜像及Join功能应用，绘制结构式 将以上结构合并在表格中，并存成GIF或TIFF图片格式输出。 (5) 电子轨道和电子转移方向的绘制 例 ：顺丁二烯的电环化反应 分析结构： 此结构包含四部分 原子轨道 正负电荷 反应条件 箭 头 轨道工具 特殊标记 箭头工具 文本工具 电子轨道的绘制 电子转移方向的绘制 采用箭头(arrow)工具来实现 箭头调整方法： 终点位置 起点位置 调整弯曲程度 调整箭头弯曲程度和箭头大小 箭头弯曲程度 箭头大小 90°弧 用箭头指示键角及键长 采用笔(pen)工具绘制特殊箭头(含不规则曲线) 使用方法：先定位，然后点击左键，并按住左键不放来调整曲线的切线方向 定位起点及其切线方向 第二点定位及其切线方向 最后点击右键修改线条属性(包括线型、粗细、箭头等) 说明： 必须注意区分笔工具的编辑按钮(此时将增加下个定位点)和选择按钮(此时对现有曲线进行调整) 编辑按钮 选择按钮(鼠标移动空心方块位置才出现) 绘制中间体结构 定位拖动鼠标左键 定位单击生成曲线箭 按Esc键退出绘制模式 单击箭头 绘制中间体结构 用小手形光标移动 造另一虚线 小手形光标 选中虚线柄 绘制中间体结构 拖动改变 虚线箭形状 按Esc键 另两根线类似，完成 ChemDraw 练习3 （2）绘制苯亲电反应机理 ChemDraw 练习3 (6) 化学反应式的建立和分析 2,4,6-三甲基苯氯甲烷 先绘制所有化合物的结构图，并排列在合适位置，再添加加号和箭头，最后再用Text工具添加反应条件 说明： (a) 对于末端的CHx基团可直接显示，无需手动输入 原子属 性菜单 可通过按住Shift键不放一次选择多个目标 注意并不是矩形框内的对象均被选中，只有用黑方块标识的对象才为所选对象 放大、缩小操作 通过调整矩形框四周选择区域进行目标放大、缩小、拉伸以及压缩等操作 旋转操作 从Object菜单中有关选择的选项来控制旋转角度，或者直接通过选择区域的旋转光标块进行旋转 旋转控制光标块 对象属性编辑操作 选择对象后，点击鼠标右键来修改对象属性 原 子 属 性 控 制 编辑原子标识 修改原子性质 显示原子编号 原子电荷 自由基标识 化 学 键 属 性 控 制 单、双、三、四重键 键的位置 键的拓扑结构(环/链) 可对键的属性(粗细、长短进行修改) 键的颜色 其中单键的属性有： 总共包括如下化学键： 分 子 属 性 控 制 包括旋转、原子和键属性、文本属性、背景边框或括号、性质分析以及整合等 (3) 简单分子结构的绘制 丹参醌 绘制过程： 选择合适模板，建立构型框架 利用化学键选择按钮增加侧链取代基 说明： 在默认情况下，键长是固定的，不能通过拖动来调整新加的键的长度，此时可将Object菜单中的Fixed Lengths未选后，可拉长或缩短新加的化学键 在绘制构型过程中，程序自动检查构型的合理性，并将有可能出现问题的地方用红色圈出 该C原子配位数过高 选择化学键，修改键的类型 说明： 选择所要修改的键，然后点击鼠标右键进行修改 对于单键修改为双键，最简便方法是选择实单键工具按钮后单击所要修改的单键即可 该方法适用于其它类型化学键的修改 例如： 对于双键的修改也可用类似的方法获得不同表示方式的双键： 选择原子，修改原子类型 说明： 修改原子类型的方法有三种： (a) 选择原子后点击右键，选择Edit Label选项 (b)直接用文本按钮选择后进行修改 (c)选择各种化学键(单、双键等均可)按钮后双击所要修改的原子 选择整个分子，旋转使之处于合适角度 作进一步处理，包括显示原子编号，加背景框 鼠标右键，修改分子属性 画烷烃、烯烃、炔烃 画芳烃、酚、醇等