在细胞和模型系统的反常次扩散是一个活跃的研究领域.doc

探索：反常次扩散的正控制 Michael J. Saxton 加州，戴维斯，加州大学戴维斯分校，生物化学与分子医学系 摘要 在细胞和模型系统中的反常次扩散是一个活跃的研究领域。主要的问题是扩散是反常还是正常，如果是反常，它的机制是什么。这个问题是有争议的，尤其是聚集导致反常次扩散的假设。反常次扩散测量将通过一个实验的标准得到加强。特别是一个能够通过交叉标准加强的不同类型的测量，标准校准标准被提出了。首先，在长度和时间尺度不同的测量下，扩散必须是反常的，长度尺度是根本，时间尺度可以通过介质的粘度调整。第二，标准在理论上必须是易理解的，有一个已知的反常次扩散指数，理想的情况下随时可调。第三，标准必须是简单，重现性好，和有独立的特征（比如，电子显微镜的纳米结构），候选实验标准可以得到评估，包括被阻碍的脂质双分子层；水系统被纳米柱阻碍；一个连续过滤系统，于此在一个普通的数组中的随机选择障碍的规定部分被消融；单行毛孔扩散；在数组中由于颗粒结合，瞬态反常次扩散，比如在随机DNA阵列中的转录因子；计算机生成的物理轨迹。 介绍 在细胞膜，细胞质和细胞核以及模型系统中大量研究反常次扩散，主要的实验问题是：扩散是异常还是正常，以及用什么参数描述它。主要的理论问题是：什么样的机制造成扩散异常。主题的问题可以通过“不同的机制怎样通过实验区分”联系起来。 反常扩散机制及其鉴定都是非常活跃的研究领域。最近的研究开始于Magdziarz 和 Weron的著作(1)。 这个领域是有争议的，尤其是聚集导致反常次扩散的假设。Ho¨fling和Franosch (2)指出“细胞聚集……缓慢的反常运输作为其最独特的指纹可以鉴别……”这种观点可以通过在不同模型系统下的几种实验证明(3–5)；Hellmann等人(6)也赞同上述观点；Dix 和Verkman(7)争论 “细胞中普遍反常扩散是分子聚集这一观点是不正确的……”并且指出，次扩散可能是可逆光物理过程的一种加工品、细胞自体荧光、或是在束和细胞结构的复杂事物。拥挤模型的实验证实了这种观点：荧光相关光谱（FCS）结果明确表明与正常扩散一致(8-10)。多种方法最直接的比较Shakhov(11)等的NMR研究，Shakhov等在聚集的右旋糖酐中发现正常扩散，就像Banks和Fradin(3)通过FCS发现反常次扩散一样。NMR研究成功地使NMR和 FCS的长度尺度重叠、长度尺度的重叠在不同方法下区分交叉和不一致成为可能。 两个方面的实验证据都有很大的局限性。一些反对反常次扩散没有正控制，一些反对它没有校准标准。在目前的实践中，通过控制，在简单液体中出现正常扩散，然后观察次扩散是否在实验中出现。在这个领域优先考虑的是设计出对异常次扩散的正控制。在关于模型聚集系统的研究中，扩散的不同可能由于长度尺度、浓度、示踪剂或示踪剂的相对大小的不同导致的，或由于实验材料导致的。有一种通用的标度有利于发现其他的复杂事物。在细胞的研究中，一种物理校准标准可以在实验室里通过减少利用细胞株和蛋白质来解决分歧。 这种观点强调荧光测量：FCS (12–14)，漂白后的荧光恢复(FRAP) (15,16)和单粒子追踪(SPT) (17–20)。我们为这些测量假定通常的衍射极限尺度。脉冲梯度自旋回波(PGSE)也被称为脉冲梯度场(PFG)，NMR测量在这里不详细讨论了，但是它们最终是很重要的，因为是独立的扩散测量方法以及非标记分子互作技术。Ka¨rger 和Stallmach检测了反常扩散的PGSE，NMR测量方法(21)。 反常次扩散 反常次扩散是阻碍性扩散，阻力会改变时间依赖性的实际形式，不仅仅是扩散系数的数值。位移的平方r2 对于正常扩散 对于反常次扩散， 对于短暂的反常次扩散，t指时间，Do指扩散系数，a是指反常次扩散指数，tCR是交叉时间。换句话说，对于反常次扩散，时间关系是非线性的，是幂律模型；扩散系数是时间关系，不满足中心极限定理的条件(22)。 Destainville等人（23）提出一种关于人为的反常次扩散的重要观点。为了改述他们的评论(23)和回复(24)，有2种类型的短暂反常次扩散，是过渡性的和真实的。在过渡性的类型中，一个机制的运作在很短的时间内，另一种是长时间的。比如，Kusumi的栈膜栅栏模型（25），在栈内以一定速度快速短距离的正常扩散由脂质粘度决定，缓慢远程的正常扩散由栈的大小和栈间跳跃率决定的。Destainville等（23）指出，在这两个极限之间，有一段明显的反常次扩散。r2和t的单调连续曲线在双对数坐标图有 1的区域。但在真实性的类型中，不同的参数增加反常次扩散的持续时间，适