分子对接与药物虚拟筛选培训教案.pptVIP

§7.4 分子对接 NU6102 (6-cyclohexylmethyl-2-(4’-sulfamoylanilino) purine)是第一个基于活化状态的CDK2-cyclin A复合物结构的高效的小分子抑制剂。实验表明NU6102对CDK2和CDK4有着不同的选择活性，对CDK2有一个较高的亲和力Ki= 6nM，但是对CDK4的亲和力比较低Ki = 1600nM，为了解释这种选择性差异的起源 小分子NU6102的结构 CDK2－NU6102的作用模式图 解决思路： 采用同源模建、分子对接、分子动力学模拟和自由能计算来阐明配体和激酶的作用机理。 由于CDK4的三维结构还没有解析出来，所以我们通过序列联配、同源模建的方法得到CDK4的结构，在通过分子对接的方法得到NU6102－CDK4的复合物结构。 CDK2和CDK4的序列联配，序列同源性45.6% 通过分子对接得到CDK4－NU6102的作用模式 通过CDK4－NU6102复合物和CDK2－NU6102复合物结构对比，可以很清楚地看到造成NU6102亲和力差别的主要原因是在CDK2－NU6102复合物中，Asp86位起了一个很重要的识别作用，它与配体的磺胺基形成了两个稳定的氢键，并且通过能量分解的方法也可以得到导致配体活性差异主要识别基团在磺胺基 （二） SARS冠状病毒3C-like蛋白酶抑制剂的设计 熊兵等人结合同源模建、分子虚拟筛选的方法设计了抗SARS冠状病毒3C-like蛋白酶的抑制剂。 SARS冠状病毒3C－like蛋白酶在SARS病毒其他功能蛋白的形成过程中起重要作用，阻断SARS病毒3C－like蛋白酶的作用可以阻止SARS病毒的复制，并最终达到治疗SARS的目的 在TGEV的主蛋白酶三维晶体结构的基础上，构建了SARS病毒的3C－like蛋白酶三维结构 SARS病毒的3C-like蛋白酶的三维模建结构 通过序列联配和采用MOLCAD/SYBYL活性位点分析，表明SARS病毒3C-like蛋白酶和TGEV主蛋白酶两者的结合口袋比较类似 同一结构家族的组织蛋白酶抑制剂分别与SARS冠状病毒3C-like蛋白酶和TGEV的主蛋白酶的复合物模型如图7－23，从图中可以看出两者的作用模式也是十分类似。 SARS病毒3C-like蛋白酶和TGEV主蛋白酶与抑制剂结合图 在SARS病毒3C-like蛋白酶活性位点确定之后，再通过查询MDDR数据库得到了73个蛋白酶抑制剂的小分子数据，对SARS病毒3C-like蛋白酶和TGEV的主蛋白酶进行了分子对接参数的调节和优化。 结果表明大多数分子与两个蛋白酶的结合相似，并且对DOCK打分进行相关性分析，表明结合能力较为一致， 在优化好的3Cl蛋白酶的三维结构模型和DOCK对接程序参数的基础上，对含有数十万多个小分子化合物库 用DOCK 4.0初筛，从每一个数据库筛选结果中选择DOCK打分前1000名的分子，进一步做类药性分析和多种评价函数包括SYBYL中的Cscore打分函数和Autodock的经验自由能评价方法进行打分，再根据药物化学家的经验来进行人工挑选，最终对每个数据库选择100个分子进行生物测试，这次虚拟筛选找到300个可能具有抗SARS冠状病毒的候选化合物，发现了7个具有高活性的化合物，进一步的细胞水平的实验，发现5-HT受体拮抗剂具有明显的抗SARS病毒感染和保护细胞的作用，其EC50值小于10mg/L，这一研究成果已经申请专利 §7.4.5 DOCK具体操作实例 DOCK流程图 DOCK具体操作步骤 （一）大分子的准备 在Sybyl6.8中将原始PDB中的配体、水、离子及结合因子等删除，然后把缺失的残基和原子补全，分别存成protein.pdb和protein.mol2文件，其中protein.pdb不加氢、不分配电荷；protein.mol2文件加全氢，并分配电荷，电荷一般可选择KOLLMAN　ALL ATOM或KOLLMAN UNITED ATOM电荷。另外还需做exclude.pdb，该PDB包含除组成活性口袋以外的残基 （二）小分子的准备 小分子加氢和Gasteiger Marsili电荷，并进行简单的能量优化，将得到的所有小分子存成一个MOL2文件database.mol2 （三）用autoMS产生表面点，得protein.ms和INSPH文件，其中protein.ms为口袋的表面点文件，INSPH为球集生成程序sphgen的输入文件。 > autoMS protein.pdb <surface_density> <probe_size> （四） 用sphgen产生表征口袋形状的球集，得到protein.sph文件，该文件即为球集文件。用showsphe