第一章蛋白质结构基础教材分析.ppt

（第一部分）第一章 蛋白质结构基础 L-氨基酸的基本结构 3 多肽链的构象 基因：一段特定的DNA或RNA区编码一个蛋白质一级结构，在这一区域的两侧还有一些片段参与该遗传信息的调节和表达，它们共同作用组成DNA或RNA的一个功能单位，称为基因。每一个蛋白质的多肽链都有一个基因编码其合成。 问答题： 1在结构域水平上对蛋白质进行结构分类？ 2目前较为系统和广泛使用的蛋白质结构数据库有哪几个? 各自的特点是什么？ 3帮助蛋白质正确折叠的一些特殊的蛋白质和酶有哪几种？ 4增加蛋白质稳定性的途径有哪些？ （有哪些方法可以增加蛋白质的稳定性？） 思考题： 结构模体与结构域的区别 （3）马蹄式折叠 由富含亮氨酸的结构模体串联式组合构成，形成一个类似马蹄状的弯曲开放结构。α螺旋在外侧，β层则构成马蹄的内壁。 β层的一侧面对螺旋，参与疏水核的形成；另一侧暴露于溶剂中，这是其它α/β型结构所没有的特征。 α螺旋在外侧，β层则构成马蹄的内壁。 猪核糖核酸酶抑制剂 3. β型结构 反平行β结构是第二大类蛋白质域结构，广泛存在于各种不同功能的蛋白质中。反平行排列的β链以扭转方式形成类似圆桶状，在桶内有一个由侧链构成的疏水核心。β结构组织较为复杂，具有相当大的多样性。 （1）上-下β桶 β链以反平行的上-下方式顺序连接起来，直到最后一链与第一股链以氢键结合，形成一个类似圆桶的结构。 在这一折叠模式中，β链的排布与在α/β型结构中相似，不同的是这里的β链全部都是反平行的，且都以发夹式回折相连接。 （2）希腊钥匙（回纹）式β桶折叠 β链以反平行方式折叠成两个分开的β层，它们彼此堆积形成一个变形的圆桶状（如图），其间β1，2，3，4和5，6，7，8分别形成希腊钥匙型回纹模体，故称为希腊钥匙（回纹）式β桶 。 （3）平行β螺旋折叠 是一种全新的折叠类型，于1993年在细菌果胶酶的晶体中首次发现。在这些β螺旋结构中，多肽链卷曲折叠为由β链与环链区相间构成的宽松螺旋。 现已知的β螺旋结构域可分为两种： ①双层β螺旋：每圈螺旋由两股β链与两段环链区相间构成 ②三层β螺旋：每圈螺旋含三段短β链，彼此由环链连接 第三节 蛋白质结构的形成—— 多肽链的生物合成与折叠 一、多肽链的生物合成 、多肽链的折叠—— 蛋白质三维结构的形成 三、蛋白质结构与蛋白质工程 在遗传密码指导下，将氨基酸按特定序列在核糖 体上连接起来，形成只有一级结构（氨基酸序列）的 多肽链，称为多肽链的生物合成。 蛋白质在体内的形成分为两个阶段： 第一阶段： 合成的多肽链，以现在尚不清楚的机制自动折叠 成为特定的三维结构，形成具有完整结构和功能的蛋 白质分子，称为新生肽链折叠（或蛋白质折叠）。 第二阶段： 一、多肽链的生物合成 1. 遗传密码与基因 2. 编码信息的转录 3. 编码信息的翻译 在大多数有机体中，合成蛋白质一级结构单位的所有信息都以三联体核苷酸密码的方式编码在染色体的遗传物质双链DNA（核糖核酸）上，这种三联体核苷酸称为遗传密码。 四种核苷酸是腺嘌呤（A）、胞嘧啶（C）、鸟嘌呤（G）、尿嘧啶（U）。配对方式：A-U、G-C配对。遗传密码具有：①简并性（61种—20种氨基酸）和②摆动性，仅第三位核苷酸不同。 1. 遗传密码与基因 2. 编码信息的转录 当条件适合时，基因被RNA聚合酶转录成互补的信使核糖核酸（mRNA）分子。 RNA聚合酶I、III：转录编码稳定RNA分子的基因 如（rRNA、tRNA） RNA聚合酶II：转录编码蛋白质的基因 原核细胞：有一种，转录所有基因 真核细胞：有三种， RNA聚合酶I、 II 、III 3. 编码信息的翻译 成熟的mRNA 被翻译成具有遗传密码指定的氨基酸序列的多肽链。 核糖体（ribosome）是多肽链“装配”的主要场所，有20种经酶活化的转移核糖核酸（tRNA）带来所需要的20种天然氨基酸。 还有多种复杂的调控因子的协同作用。 二、多肽链的折叠—— 蛋白质三维结构的形成 1. 蛋白质折叠的热力学基础 2. 蛋白质折叠的动力学因素 3. 帮助折叠的蛋白质和酶 蛋白质折叠：由多肽链的一维线性氨基酸序列转化为具有特征三维结构的活性天然蛋白质的过程 1. 蛋白质折叠的热力学基础 （1）天然蛋白质的三维结构主要取决