第十章古DNA数据分析.ppt.pptVIP

群体遗传学分析 群体遗传学主要研究基因频率在群体中的变化规律以及如何保持遗传多样性。 群体遗传结构动态分析主要这主要包括：遗传多样性指度分析、核苷酸不配对差异分析、中性检验和分子差异性分析以及基因混合度分析等。 群体遗传多样性指度分析 遗传多样性指度分析主要指： 基因多样性(gene diversity) 核苷酸多样性(nucleotide diversity) 平均配对差异数(mean number of pairwise differences)。 基因多样性 当一个基因座上有两个或两个以上的等位基因存在时，我们就称该基因座具有基因多态性（genetic polymorphism）。在群体中一个基因座的基因多样性计算公式如下： n 是基因拷贝在样本中的数目，对于单倍体来说 n 就是样本的数量，对于二倍体来说 n 是标本数的2倍。K 是等位基因的数目，Pi是第i个等位基因的群体频率。 核苷酸多样性 一个不依赖于样本大小的DNA多态性的测度是两个序列间每个位点上核苷酸差异的平均值或核苷酸多态性，计算公式如下： dij是第i个等位基因和第j个等位基因间的核苷酸差异数，L是序列的长度。 平均配对差异数 平均配对差异数指所有序列比对差异数的平均数，计算公式如下 ： n是样本的数量，其他参数与上面相同。 核苷酸配对差异分析与中性检验 一般来说，群体是否经受