ntsys软件使用方法集锦.doc

NTSYS-PC使用说明 1、生成矩阵：在excel按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=13表示扩增的总条带数， C1=7表示样本数，D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。见下图： 输入完毕后，将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘。 2、生成系统树： 打开NTSYS-PC程序，点击similarity出现如下界面： 再点击Qualitative data，出现下面的界面： 点击input file，打开生成的excel文件，点击out file起一个文件名（假设叫A），然后点击compute按钮。继续点击clustering，出现下面的界面， 再点SHAN，出现如下界面： 点击input file，打开文件刚才保存的文件111，点击out file起一个文件名（假设叫222），把In case of ties改为Find，然后点击compute按钮。计算完成！ 点击input file，打开文件A，点击out file起一个文件名（假设叫B），然后点击compute按钮。然后点Graphics 再点tree plot，出现下面的界面： 点击input file，打开文件B，然后点击compute按钮，就会出现聚类图。 3、生成遗传相似度表： 点File中的Edit file,打开文件A，再点compute按钮，就会得到遗传相似度表。 这个软件的功能很强大，但我也只会做聚类图和遗传相似度，如果其他朋友还会使用其它功能，请多交流。 缺失数据可用999代替,写在列的后面,软件就可以识别了 TREE plot Displays a tree matrix (such as produced by the SAHN module) or the NJOIN module. The algorithm used to convert a tree matrix into a dendrogram display is given in Rohlf (1975a). A generalization of this procedure is used to plot a tree with different heights for each OTU. The tree is displayed only a page at a time. The number of OTUs per page can be changed by either opening the plot options window or by pressing the + or - keys. The current page to be displayed can be selected either from the plot options window or by pressing the z and x keys. Parameters Program parameters and batch codes. ?2000 by Applied Biostatistics, Inc.