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生物信息学Bioinformatics 凌毅 Bioinfo_cau@ 课程简介 课程目标 课程形式 参考教材与文献 教师联系方式 成绩构成 课程网站 实验室要求 课程目标 掌握生物信息学基本知识与概念 了解生物信息学网上资源 针对核酸及蛋白质的分析 介绍全基因组表达的分析方法 生物学研究中具体问题的解决 课程形式 讲授概念与知识点(Textbooks) 自学与讨论(Web sites) 理解(Literature references) 掌握与巩固(Computer experiences) 主要参考教材 生物信息学与功能基因组学，孙之荣主译，化学工业出版社，2006. Q811.4/19 生物信息学（中译本），王明怡等译校，科学出版社（第二版） Q811.4/14, Q811.4/WDR Bioinformatics for DUMMIES, Jean-Michel Claverie, John Wiley, 2007. 院图书室 Bioinformatics: A practical guide to the genes and proteins, Baxevanis Ouellette, John Wiley, 2005. Q811.4/BPG(3) Essential Bioinformatics, Jin Xiong, 2006. 院图书室 参考文献 主要为英文原始文献，鼓励大家阅读。可提供部分 作业的答案 项目的研究方法 任课教师 成绩构成 随堂测验 30% 作业 (包括课堂表现等平时成绩) 20% 项目报告 20% 期末开卷考试 30% 课程网站 学校主页-生物学院-(院内直达)中国农业大学生物信息中心-人才培养-课程设置-生物信息学-生物信息学 或:/bioinformatics.htm 点击生物信息学 实验室要求 实验室内禁带食品与饮料； 实验期间无需自行登陆网关，无需使用代理。国际网关由任课教师统一设置。 实验期间禁止浏览、下载任何与课程无关的内容，相关表现计入平时成绩。 请自觉完成作业及项目报告，若发现抄袭现象，当次成绩以0分记。 请自觉保持台面、地面清洁。课后请将相关杂物与遗弃物一并带走。 本讲内容 1. 什么是生物信息学 - What is Bioinformatics - Goals - Scope - Application - Limitation 2. 生物学数据库 - Types of databases - Introduction of major biological databases/website - How to find suitable biological resource for research 3. NCBI的资源 4. 序列数据库 - Nucleotides databases - Protein databases - Other sequence databases - Importance of accuracy of nucleotide sequence entry 5. 序列的格式 - FASTA - EMBL / GenBank flatfile Goals Better understand a living cell and how it functions at the molecular level. Why? “Central dogma” of biology tells us! DNA ? mRNA ? protein ? function 因此，利用序列或结构（有时）分析方法可以便我们对蛋白质的功能有一定的预见性。 SCOPE Development of computational tools and databases for Molecular sequence analysis Molecular structural analysis Molecular functional analysis Application of these tools and databases (本课程的重点) Application 分子生物学研究实例 Bioinformatics application during T-DNA insertion mutant identify Database of T-DNA insertion mutant stockcould be