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化学信息学论文一类新的人类转谷氨酰胺酶2的可逆抑制剂结构模拟与活性预测
·研究论文·一类新的人类转谷氨酰胺酶2的可逆抑制剂结构模拟与活性预测摘要Acylideneoxoindoles是一类新的人类转谷氨酰胺酶2的可逆抑制剂。本文在查阅有机合成分子与生物活性及其测定文献的基础上选取了一篇关于新的人类转谷氨酰胺酶2的可逆抑制剂的结构优化报道，通过ChemBioOffice 2010、Gaussian 03W、HyperChem Release 7、SPSS Statistics等软件应用分子力学(MM2)、分子动力学模拟（Molecular Dynamics）、半经验法（PM3）、逐步回归法、留一法确定了这些抑制剂的描述子与其PIC50的关系，建立了一个线性拟合的QSAR方程，进而设计类似的分子并进行活性预测。通过计算机模拟计算的方式设计化合物，将化学与信息学融合为一体，是药物设计的一个重要的手段。关键词结构优化；活性预测；建模；Imitating on Structure and Prediction on Activity of A new Class of reversible Inhibitors of HumanTransglutaminase 2AuthorShiqun Xiang1AbstractAcylideneoxoindoles isa new class of reversible inhibitors of humantransglutaminase 2Through the?literature?on the?physical structure?and?activity of?the?paper, we useChemBioOffice 2010, Gaussian 03W, HyperChem Release 8, SPSS Statistics?software such?compounds in?the literature?for?the linear?regression model?to build,?and test thepredictions?of?the model,?then design?in line with?the?higher activity?of the?linear modelcompounds.KeywordsStructural optimization; Activity prediction; Modeling;实验准备前期准备查阅文献，本文所研究的化合物来自文献，此类化合物骨架如下：图1共有R1、R2两个位置可以发生取代，取代基主要为吡啶基、烷基和芳基。观察文献所提供分子结构，挑选出19个结构统一、易模拟的化合物进行计算。文献提供的IC50值单位为μM。PIC50可由EXCEL计算得到，并进行验证。序号IC50PIC50Predicted11.10.04139309-0.04576020.079181080.44715809-0.045760.109248610010.041393040.146128-0.0829191.10.0413930.0189581040.602060.372263111.40.1461280.1397011210-08-0.096910.124602141.50.176091-050.7403630.509331161.80.2552730.406198171.10.0413930.030089181.20.0791810.052277196.30.7993411.127857表一软件介绍Chembiooffice 2010美国剑桥公司最新版本的ChemOffice是世界上最优秀的桌面化学软件，集强大的应用功能于一身，为您提供了优秀的化学辅助系统，使您的研究工作达到一个新的高度。ChemOffice Ultra 包括ChemDraw Ultra 化学结构绘图、Chem3D Ultra 分子模型及仿真、ChemFinder Ultra 化学信息搜寻整合系统等一系列完整的软件。可以将化合物名称直接转为结构图，省去绘图的麻烦；也可以对已知结构的化合物命名，给出正确的化合物名称。对分子进行初步优化，并计算拓扑结构的描述子。HyperChem 8.0HyperChem是一款以高质量，灵活易操作而闻名的分子模拟软件。通过利用 3D 对量子化学计算，分子力学及动力学进行模拟动画，HyperChem为您提供比其它 Windows 软件更多的模拟工具。计算一系列描述子。Gaussian 03WGaussian 是一个功能强大的量子化学综合软件包。其可执行程序可
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