生物信息学第五章核酸序列分析.ppt

分析实例演示 Target Sequence：NM_000207 a、确定ORF和非编码区序列 /gorf/gorf.html b、ORF区预测外显子和内含子 / c、计算ORF区的GC含量和核苷酸频率，包含单联、双联 软件：lasergene（DNAstar） d、对非编码区进行启动子预测（转录调控元件） http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ /seq_tools/promoter.html e、对ORF的前100bp进行RNA二级结构预测 http://www.genebee.msu.su/ f、利用密码子偏向性将ORF区域翻译成蛋白质序列（偏向性自选） 作业？ 基因预测 开放读码框 GENSCAN GenomeScan GeneMark GLIMMER 基因结构分析 内含子/外显子剪切位点 NetGene2 Spidey 选择性剪切 ProSplicer Spidey 转录调控序列分析 启动子/转录起始位点 DBTSS PromoterScan CpG岛 CpGPlot 转录终止信号 Hcpolya 序列组分分析 GC含量 cgview 密码子偏好性使用 CodonW 限制性核酸内切酶位点 NEBcutter 核苷酸序列分析软件 CpG Island 分析 CpG Island /cpgislands2/cpg.aspx Web