多序列比对与Clustal的使用,以及各类常见的序列工具探究.ppt

多序列比对与Clustal的使用，以及各类常见的序列分析工具介绍 内容提要 第一部分：多序列比对 意义、方法、算法 Clustal的使用 1.Clustalx 2.Clustalw 第二部分：常见的序列分析软件分类简介 第一部分：多序列比对及Clustal的使用 序列相似性比较和序列同源性分析 序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等； 多序列比对的意义 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个基因家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。 用于描述一个同源基因之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。 其他应用，如构建profile，打分矩阵等。 多序列比对的方法 同源性分析中常常要通过多序列比对来找出序列之间的相互关系，和blast的局部匹配搜索不同，多序列比对大多都是采用全局比对的算法。这样对于采用计算机程序的自动多序列比对是一个非常复杂且