序列(一)一一序列比对题材.pptVIP

生物信息学研究的三个层面 初级层面： 基于现有的生物信息数据库和资源，利用成熟的生物信息学工具（专业网站、软件）解决生物信息学问题 ——生物信息数据库（NCBI、EBI、DDBJ、UniProt等） ——基因组序列分析、序列比对软件（BLAST、CLUSTAL等） ——系统发育树构建软件的简单使用（PHYLIP、PALM等） ——搜集、整理有特色的生物信息学数据库 为什么要进行序列比对？？？ 与进化相关的几个概念 第一节、双序列比对 点阵分析 动态规划 1. 点阵分析 用途： 1. 寻找两条序列间所有可能的比对； 2. 寻找蛋白质、DNA序列上正向或反向的重复序列； 3. 发现RNA上可能存在的互补区域。 优点： 1. 可以找到两个序列间所有可能的残基匹配； 2. 简单、易懂 3. 直观、整体性强 工具： http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/index.html 例1：自身的比对 例2：重复序列 例3：反向重复/回文 例4：RNA stem/loop 例5：不同序列的比对 点阵法的序列比对 点阵序列比对的缺点 滑动窗口和阈值的选择过于经验化, 信噪比较低 , 不适合进行高通