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兴趣小组活动总结 一 引子 基因组学课程期末考试的最后一道论述题，是”请根据自己的理解，总结基因组非编码区可能的功能”，。当时回忆起Watson主编的《Molecular Biology of the Gene》中说， 3200Mb人类基因组里，除了48Mb是基因外，还有intron、UTR、pseudogene、microsatellite、transposon以及编码miRNA的序列，便如是作答。这道题，引起了我对基因组非编码区功能的极大兴趣：为什么物种越往高等进化，基因组非编码序列的比例就越高?为什么仅仅两万八千左右个基因，就能决定人类作为万物之灵长的地位，可这个数目并不比果蝇多多少啊?什么决定了人类的智力，关键在于基因序列还是所谓的”junk DNA”?玉米的基因组比水稻大很多，但也未见得玉米就比水稻高等，那么是什么决定了基因组的大小呢?这些问题时常浮现在我脑中，正好借晓东所长提出的”兴趣小组”活动，通过跟组员的讨论、与PI的交流，希望产生一些思维碰撞的灵感。 这一系列文章，是我对”兴趣小组”活动的全面总结，一部分是流水账般的记叙小组讨论，一部分是跟PI讨论的收获，还有一些是我们自己mental exercise的过程，包括提出的假设、可能的实验手段和存在的瓶颈，最后是组员的一些感想。 值得一提的是，虽然我们小组人数不多，但指导老师是最多的，这给我们提供了更多与PI交流的机会。 最后说明一下，我们所说的”non-coding DNA”，是指不编码蛋白的基因组DNA序列。 二 组员和最初的几次讨论 我们小组的题目是”基因组非编码序列的功能”，先描述一下各位组员吧。 梅坤荣，华科生物信息专业。我觉得她最强的地方是，不论组员之间意见多么分歧，抑或是思路不太清晰，她都能帮我们理清头绪，首先做什么，接着做什么，并提出大家都容易接受的方案。 高冠男，山东大学，一个说话声音不大的女生，对non-coding DNA在个体发育中的调控作用十分感兴趣。记得每次讨论的时候，都很认真的记笔记，提出的问题往往能反映出她活跃的思考。 殷毅，北师大，在以前的实验室做了一年关于microRNA的实验训练，相当能提问，从她的提问中，能感觉出她读过各个方面的论文，有很广泛的知识背景，此外对非编码区编码的microRNA很感兴趣。 叶瑞强，武汉大学。人称”小强”，一个相当粗犷的山东汉子，对自己的人生道路有很明确的把握，他永远不会拒绝需要帮助的人。他的实验经历很丰富，是能花100%精力做好一件事的人。此外，篮球、乒乓球、排球......他样样精通，要打球，找他准没错。 林珑，安徽大学。说话语速挺快，做事很有热情的女生。 最初的几次，主要讨论了从什么角度研究non-coding DNA，有人希望把精力主要放在non-coding DNA的进化问题上，还有人提议把焦点集中在non-coding RNA上，也有人提议将non-coding DNA分为卫星/微卫星序列、转座子、假基因、内含子等不同特点的类别进行讨论。总之，没有统一的意见，我们决定找指导老师讨论后，再做决定。 三 与PI的讨论 杜立林老师的研究方向主要是，以裂殖酵母为实验材料研究DNA双链断裂。他向我们介绍了”The ENCODE Project”，难以置信的是，研究表明整个基因组，包括DNA的两条链，都会被转录。他还提到，河豚的全基因组测序并不是因为作为模式生物来研究，而是因为它比其他脊椎动物基因组小很多，所谓的”垃圾DNA”很少，可能成为研究如何在含较少non-coding DNA情况下，基因组是如何复制的模型。他让我们意识到，基因组不同层次的包装，似乎也存在着某种密码，例如某些位置相对固定的核小体所需的核小体定位信号。他同时提到了一个新的概念”染色体脆性位点”，实际上脆性位点会在正常条件下发生双链断裂，造成基因组的不稳定性。那么为什么经过长期的进化，这些位点没有经过选择压力被淘汰呢?杜立林老师认为，同一段序列可能需要同时执行多种功能，为了执行某些更重要的功能，这些位点必须同时具有”脆性”。 我们从马力耕老师体会了用分类的方法、进化的思想，研究问题的思路;从戚益军老师了解到，可以用研究一个基因的方法来研究microRNA的功能;从朱冰老师很多”搞笑”的故事中，想象了基因组在细胞核中可能存在的三维空间结构。 这些讨论，让我们逐渐认识到基因组提供的是多维的信息，除了已知层面的信息外，基因组还具有很多隐含的信息，鉴于高等生物基因组中90%以上由non-coding DNA组成，或许这些隐含信息正是蕴含在貌似”垃圾”的non-coding DNA中的。 四 我们的一些设想 首先，我们把基因组的信息分为了三个层次：