宏基因组 PPT.pptVIP

1、海洋生物活性产物的痕量存在； 2、海洋生物活性物质难于化学合成； 3、产生活性物质的海洋微生物难于人工培养 宏基因组工程与海洋生物学进行有机的结合，促使人类了解许多为培养海洋微生物的基因组序列及其功能产物，在海洋天然药物研究、海洋极端环境微生物研究、海洋微生物多样性探索中具有十分重要的应用前景。 1.海洋微生物 2.环境保护和污染修复 挖掘降解基因和功能菌株，进行生物修复 获取任何序列的基因或功能，由此合成新物质或发现新的生物物种。 发掘极端环境为生物的新物种，了解其耐受机制，帮助极端环境的污染修复。 从宏基因组中分离的重要基因元件组编成具有其他活性成分、或可降解污染物功能的基因簇，以替代原有不易降解化合物，或直接降解环境中石油烃、有害有害化合物、重金属。 可以有效地从环境中分离新的基因、化合物和生物催化剂； 所构建的工程菌可用于处理各种复杂污染物，是非常有前景的降解酶系基因筛选方法； 所获取的多样性信息可以在废水处理的各种反应器系统、污染物降解过程中微生物的作用和调控、微生物对环境和气候的监测等研究中发挥作用 分析微生物种群多样性，检测评价环境健康 2.环境保护和污染修复 3.开拓天然产物新资源 2000年8月, Brady和Clardy等人构建了一个含有约7000000个重组子的环境DNA (eDNA) 粘粒文库, 筛选出具有抗芽孢杆菌活性的克隆65个, 并从其中一个克隆发酵物中分离出一系列具有抗菌活性的长链N2酰基酪氨酸类新化合物1213 3.开拓天然产物新资源 2000年3月, Wang等人首次以链霉菌为宿主构建了土壤样品宏基因组文库,并从中分离得到了外源基因的表达产物Terragigine A2E 和Norcardamine 。其中, Terragigine类为首次从eDNA重组微生物产物中发现的新类型的化合物。 4.待解决问题 文库的质量，目前已发表的文库很少能够覆盖整个宏基因组，这需要进一步优化DNA的提取及克隆方法。 高通量的有效筛选平台，目前从几万或几十万个克隆中只能筛选到几个有活性的基因，这主要是由于微生物多样性高，宏基因组比较复杂，以及外源基因在宿主菌中的表达障碍等等。 宏基因组学研究主要集中于原核生物，对真菌等真核生物研究较少，所构建文库多为DNA文库，cDNA文库较少。 宏基因组（Metagenomics） 唐荧霜 20162002016t 1 宏基因组简介 2 研究步骤 3 应用及研究现状 1.产生背景 人类基因组计划(human genome project，HGP)的完成，从结构基因组学进入以功能性基因组研究为主的后基因组时代 人体的生理代谢和生长发育不仅受自身基因控制，还与其他生物基因组相关。已证明体内菌群的组成和活动与人的生长发育、生老病死息息相关。 要想了解生命的起源、本质、进化和相互作用及影响，就必须对彼此密切相关的生物进行各个基因组学及其相互关系的研究。 一、宏基因组简介 2.宏基因组（广义） 广义宏基因组是指特定环境下所有生物遗传物质的总和，它决定了生物群体的生命现象。它是以生态环境中全部DNA作为研究对象，通过克隆、异源表达来筛选有用基因及其产物，研究其功能和彼此之间的关系和相互作用，并揭示其规律的一门科学 3.宏基因组（狭义） 狭义宏基因组学则以生态环境中全部细菌和真菌基因组DNA作为研究对象，它不是采用传统的培养微生物的基因组，包含了可培养和还不能培养的微生物的基因，通过克隆、异源表达来筛选有用基因及其产物，研究其功能和彼此之间的关系和相互作用，并揭示其规律 4.宏基因组学 宏基因组学是一种基于无需预先培养来利用环境样品基因组资源，获得活性物质和功能基因的新技术，因而绕过了菌种纯培养障碍，可直接从自然界获取遗传信息，极大拓宽了微生物资源的利用空间，正成为国际生命科学研究最重要的热点之一 为什么要研究宏基因组学呢？ 99%以上的微生物未 (难 )被纯培养, 对微生物世界的认识集中在不到1%的微生物上 人们对微生物的认识主要基于实验室纯培养的单一微生物物种,对微生物群落作为整体的功能的认识远远落后于对其个体的认识 分离特定环境生物DNA 纯化大分子量DNA进行克隆 将带有宏基因组DNA的载体通过转化方式转入模式微生物建立各自的无性繁殖系 对宏基因组文库的DNA进行分析 二、宏基因组的研究步骤 环境样品Environment samples 富集培养Enrichment Cultivation DNA提取 DNA isolation 载体插入Vectors ligation 小片段插入Small size (plasmid) 大片段插入Large size (Cosmid,Fosmid,BAC,YAC) 构建宏基因组文库construct matagenomic l