计算机在生命科学中的应用第四次作业2.docVIP

对硫矿硫化叶菌的一段未知功能蛋白的基因进行引物设计 前言： PCR技术的的运用，要点包括三部分，模板、引物和体系。模板是扩增的基础，引物是PCR技术的关键点，在现在实验条件下，模板和体系一般都有商品化的技术支持，因此，能否设计出好的引物就成了PCR反映的关键 1.利用软件Vector NTI Explore 对硫矿硫化叶菌DNA序列进行酶切找到含目的基因的较小的片段 2.利用软件Vector NTI Explore进行引物设计引物 Sulfolobus solfataricus P2（硫矿硫化叶菌）的一段DNA 序列。 3. 引物设计的原则： （1）长度在18~35bp，GC含量在40%~60%之间，内部无发卡结构，Tm值接近72℃； （2）引物之间避免形成二聚体； （3）引物3’端和模板之间不应少于12个连续碱基相匹配； （4）在模板基因内部不应有和引物对中任一条引物相似的片断；有时需要在引物的3’端加上适当的酶切位点。 （5）引物3′端不能选择A，最好选择T。 （6）引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。 实验内容： 试验中用到的古生菌的序列长12389bp，其中80-709bp是要得到的未知功能蛋白质的基因序列，利用Vector NTI Explorer分析酶切位