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第九章 蛋白质相互作用网络 马飞 南京师范大学 比较基因组学与生物信息学实验室 上节课回顾：生物分子网络特征 生物分子网络具有稀疏性 生物分子网络具scale-free性质 生物分子网络具有超小世界性 生物分子网络具有层次结构 生物分子网络具有度的负关联性 生物分子网络具有一定的鲁棒性和适应性 1.生物分子网络具有稀疏性 生物网络的稀疏性的实质： 是生物在长期进化过程中达到某种优化的表现结果。 2.生物分子网络具有scale-free性质 无标度网络的显著特点： 多数节点有少量连接， 少数节点有大量连接。 这种特性表明： 生物分子网络拥有动态过程， 少数节点所代表的生物分子起到关键作用。 细胞的新陈代谢有着无标度的拓扑属性；在代谢反应中： 多数的代谢酶解物仅参与了1个或2个反应， 而少数几个酶解物则参与了众多反应，发挥着代谢中枢的作用。 3.生物分子网络具有超小世界性 小世界网络： 是指有短的平均路径长度 较大的平均聚类系数的网络。 在细胞内新陈代谢的研究中： 均通过3或4个反应的路径就能够连接多数成对的代谢物， 短的路径长度表明，对代谢物浓度的局域扰动能够迅速地遍及整个网络。 由此可见，具有超小世界效应的网络 更便于生物信息在网络的节点之间得到迅速传播。 4.生物分子网络具有层次结构 生物分子网络大致上分成四个层次： 节点 模体 功能模块 网络 功能模块： 是对生物分