1_1生物信息学引论_课件.pptVIP

Example of protein 3-D structure （93aa） MKYFTIVAVFLAVAVCYISQSSASPAPNEEANFVHGAD ALKQLEPELHGRYKRATCDLLSGTGVGHSACAAHCLL RGNRGGYCNGKGVCVCRN 三、生物信息学研究的主要内容 序列重叠群（Contigs）装配 序列比对和结构比对 计算机辅助基因识别 基因组非编码区分析及DNA语言研究 分子进化和比较基因组学 蛋白质结构预测 基于结构的药物设计 三、生物信息学研究的主要内容 7、基于结构的药物设计 基于生物大分子结构的药物设计是生物信息学中的极为重要的研究领域。为了抑制某些酶或蛋白质的活性，在已知其三级结构的基础上，可以利用分子对接算法，在计算机上设计抑制剂分子，作为候选药物。这种发现新药物的方法有强大的生命力，也有着巨大的经济效益。 三、生物信息学研究的主要内容 序列重叠群（Contigs）装配 序列比对和结构比对 计算机辅助基因识别 基因组非编码区分析及DNA语言研究 分子进化和比较基因组学 蛋白质结构预测 基于结构的药物设计 …………………… 三、生物信息学研究的主要内容 生物学是生物信息学的核心和灵魂，数学与计算机技术则是它的基本工具。 生物信息学的分析只是为生物学研究提供参考，这些信息能提高研究的效率或提供研究的思路，但许多问题还需要通过实验的方法来加以验证。 本课程主要学习的内容 1、获取文献信息和序列数据 2、序列比对基础与BLAST入门 3、核酸序列分析 4、蛋白质序列分析及结构模拟 5、系统发育分析 6、基因组分析 我们是生物信息学这门工具的使用者（Tool- users），而非工具的制造者（Tool-Makers）。 Half day on the web, half month in the lab. saves you - Alan Bleasby 一、生物信息学产生的背景 诺贝尔奖获得者W.Gilbert 在1991年曾经指出 “传统生物学解决问题的方式是实验的，现在基于全部基因都将知晓，并以电子可操作的方式驻留在数据库中，新的生物学研究模式的出发点应是理论的，一个科学家将从理论推测出发，然后再回到实验中去，追踪或验证这些理论假设。” 生物信息学将传统生命科学的“二元研究”分化为“三足鼎立”状态 理论 实验 理论 传统实验 计算机实验 in vivo in vitro in silico 绪论：什么是生物信息学？ 生物信息学产生的背景 生物信息学的定义 生物信息学研究的主要内容 二、生物信息学的定义 生物信息学（bioinformatics） 指生命科学与数学、计算机科学以及信息学等交融在一起形成的一门交叉学科。 它应用先进的数据管理技术、数学分析模型和计算机软件对各种生物信息（特别是分子生物学信息）进行储存、提取、处理和分析，旨在掌握复杂生命现象的形成模式和演化规律。 二、生物信息学的定义 以核酸、蛋白质等生物大分子为主要研究对象 以信息学、数学、计算机科学为主要研究手段 以计算机网络为主要研究环境 以计算机软件为主要研究工具 对序列数据进行存储、管理、注释、加工 对各种数据库进行查询、搜索、比较、分析 构建各种类型的专用数据库信息系统 研究开发面向生物学家的新一代计算机软件 绪论：什么是生物信息学？ 生物信息学产生的背景 生物信息学的定义 生物信息学研究的主要内容 三、生物信息学研究的主要内容 序列重叠群（Contigs）装配 序列比对和结构比对 计算机辅助基因识别 基因组非编码区分析及DNA语言研究 分子进化和比较基因组学 蛋白质结构预测 基于结构的药物设计 三、生物信息学研究的主要内容 序列重叠群（Contigs）装配 序列比对和结构比对 计算机辅助基因识别 基因组非编码区分析及DNA语言研究 分子进化和比较基因组学 蛋白质结构预测 基于结构的药物设计 三、生物信息学研究的主要内容 1、序列重叠群（contigs）装配 根据现有的DNA测序技术，每次反应最多只能测出1000 bp的序列，这就要求把大量的短序列构成重叠群,再逐步把它们拼接起来形成骨架 （scaffolds），直至得到完整的序列。 由深圳华大基因研究院发起，中国科学院昆明动物研究所等参与的合作研究成果《The sequence and de novo assembly of the giant panda genome》于2010年1月21日以封面故事发表于《nature》杂志。 本研究是全球第一个完全使用新一代合成法测序技术完成的基因组序列图，该成果证明了短序列也能组装成完整基因组，并将成为基因组绘图的国际标