生物信息学检索系统.pptVIP

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三、数据库检索工具简介 Entrez SRS 1、Entrez Entrez的特点 链接的数据库多 使用方便 实际匹配、相近匹配、查询结果按匹配程度排列 Entrez集成的各种数据库 核酸序列 蛋白质序列 生物大分子结构 基因组数据 生物分类数据库 孟德尔人类遗传学数据(OMIM) Pubmed Entrez Entrez的查询方式 快速查询 限定查询 其他查询方式 批处理查询 交叉引用的信息查询 E-mail查询 Entrez基本查询功能 主题词(Subject)搜索 短语(phrase)搜索 文献作者(Authous)搜索 序列独特识别信息(Unique Identifiers)搜索 序列分子量搜索 区域搜索 通配符搜索 2. SRS SRS(Sequence Retrieval System)是EMBL研制的一个基于WEB的查询系统,是目前生物信息界应用最为广泛的数据库系统。 SRS在中国的镜像站点建立在北京大学生物信息中心。 SRS采用全菜单驱动方式 包括EMBL、EMBL_NEW、SwissProt、PIR等一级数据库 还包括许多二级数据库 如蛋白质家族和结构域数据库Prosite、限制酶数据库ReBase、PDB序列子集数据库NRL_3D、真核基因启动子数据库EPD、E.coli 数据库ECD、酶名称和反应数据库ENZYME、生物计算文献数据库SEQANALREF等,还有与功能、疾病相关的数据库,总共有80个数据库。 SRS与ENTREZ的区别 THE END * * * * /gquery/gquery.fcgi /Entrez/ NCBI AND,OR,BUT 小 快 SRS , I, ! 大 慢 布林逻辑运算 结果信息量 查询速度 /database/srs.html *

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