蛋白质组学-生物探索.ppt

肽质量指纹图谱是指蛋白质被酶切位点专一性的蛋白酶水解后得到的肽片段的质量图谱。用实验测得的蛋白质酶解肽段质量在蛋白质数据库中检索，寻找具有相似质量的肽从而鉴定蛋白质。 将简单的方法与稳定的高通量仪器操作（特别是MALDI-TOF MS）相结合，很适合分析蛋白质组学。 进行蛋白质鉴定的质量取决于MS数据的质量、数据库的准确性以及使用的检索算法和软件的功能。 （１） 肽质量指纹图谱（peptide mass fingerprint,PMF） 3. 与质谱相关的技术 肽质量指纹谱:概述 一、 完整的蛋白质目录的获得 获得某个生物的整个蛋白质组， 用胰蛋白酶切割成不同大小的胰蛋白酶肽。 每一个蛋白质用胰蛋白酶消化产生一定数量的有特定长度和序列的肽，而且这些肽有特定的质量。 只要胰蛋白酶肽段混合物的每一个肽与其来源蛋白质和氨基酸序列位点相关联，蛋白质组的全部信息就得以保留。 首先用胰蛋白酶肽消化未知蛋白质产生胰蛋白酶肽。消化后得到的每一肽段的质量各不相同。如果每一个胰蛋白酶肽消化产物的确切质量已知，那么取一定质量的胰蛋白酶肽段与整个目录进行比较，我们会发现目录中有与之质量完全一样的肽片段。如果在全部肽质量的目录中，这种匹配是唯一的，我们几乎可以肯定这两个肽段是相同的。然后可以用未知蛋白质的第二个胰蛋白酶肽段以相同的方式与目录匹配，从目录中得到与未知肽段匹配的已知肽段和蛋白质。未知蛋白质的胰蛋白酶肽段质量与目录中胰蛋白酶肽段的多个匹配可以说明未知蛋白质的特性。 二、某个生物的未知蛋白质的鉴定 三、肽质量指纹谱能否成的用于鉴定蛋白质的决定因素： 1）必须能够精确测定肽质量 2）必须由有效且精确的蛋白质序列数据库 例如： 人血红蛋白α链的胰蛋白酶消化产生14个胰蛋白酶肽，其中序列为VGAHAGEYGAE-ALER肽的单个同位素精确质量为1528.7348 Da,其单电荷粒子的m∕z值为1528.7348,这个肽对 SWISS-PROT数据库中所有小鼠和人蛋白质的检索，结果显示有478个来自小鼠和人蛋白质的胰蛋白酶肽为1529±1 Da。 如果能对肽离子进行更精确m／z值测定和使用更严格的质量误差极限，可以把最终匹配的数目缩小到两个肽。 （２） 肽片段的部分测序（peptide ） Edman法测序鉴定。 （３） 氨基酸组分分析 （４） 微量测序 全自动氨基酸分析仪，高效液相色谱。 Edman法测序仍为经典的测序方法，目前其检测灵敏度可达到pmol水平。 用肽序列标记搜索dbEST库 CID谱和肽序列标记 从dbEST中搜索到的匹配序列 a-乳清蛋白的一个酶解肽段的CID谱 翻译后修饰的自动解释的示意图 Protein sample Image analysis Protein in gel Protein on membrane Protein in solution 2-D PAGE Excision Blotting Elution Partial degradation Peptide mixture Mass of protein N-terminal sequence MS Edman degradation Peptide mass fingerprint Peptide sequence MS/MS data Database searching Novel or previously studied protein Characterization of post-translocation modifications 蛋 白 质 组 的 分 析 流 程 (3)蛋白质组学过程 Functional analysis State 1 2DE PMF MS/MS LC-MS/MS Database search Differential analysis ? 流感嗜血杆菌的蛋白质组研究 大肠杆菌的蛋白质组研究　 致病微生物的蛋白质组研究 酿酒酵母的蛋白质组研究 第四节 蛋白质组研究的应用与发展趋势 （一）原核及简单真核生物的蛋白质组研究 流感嗜血杆菌是第一个获得基因组全序列的生物。 瑞士的一个小组通过2-DPAGE研究了流感嗜血杆菌的蛋白质组分，在pH 3-10的范围内鉴定了约300个蛋白质组分，然后分离了很难分离到的5-20kD范围内的蛋白质，还鉴定了其中的80种。另外用肝素亲和层析将碱性蛋白质富集后，在pH 6-11的范围内又鉴定了102个蛋白质，其中许多是核酸结合蛋白尤其是核糖体蛋白。