实验3用贝叶斯方法重建基因进化历史.PDFVIP

实验3 用贝叶斯方法重建基因进化历史 传统的系统进化学研究一般采用的要么是表型的数据，要么是化石的证据。 化石的证据依赖于考古学的发现，而表型数据往往极难量化，所以往往会得到许 多极具争议的结论。如今，现代分子生物学尤其是测序技术的发展为重建进化史 提供了大量的数据，如多态性数据（如SNPs 或微卫星）、基因序列、蛋白序列等 等。常规的做法一般都是利用某一个或者几个基因来构建物种树（species tree）， 但是一个基因的进化史能不能完全代表所有被研究物种的进化史呢？这是非常 值得讨论的问题，但这不是我们本次实验的重点，在这里就不多赘述了。所以， 我们这里所指的进化树如非特别说明，指的都是基因树（gene tree ）。 经典的研究系统进化的方法主要有距离法、最大简约法（maximum parsimony，MP）、最大似然法（maximum likelihood，ML）等等。这些方法各有 各的优点，也分别有其局限性，例如距离法胜在简单快速、容易理解，但是其模 糊化了状态变量，将其简化为距离，也就不可避免的丧失了许多序列本身所提供 的信息。而最大简约法虽然用的是原始数据，但也只是原始数据的一小部分。特 别是在信息位点比较小的情况下，其计算能力还不如距离法。相对来说，最大似 然法虽然考虑问题更加全