SPM2傻瓜攻略2..ppt

SPM2傻瓜攻略 SPM界面分三部分 Upper : 数据的空间预加工 Middle: 模型规格/估计以及统计推论 Lower: general utilities. 提纲 空间预处理 DICOM : Slice timing Realignment: Coregister Normalise smooth 统计处理 DICOM 这一步的意义是把磁共振机记录下来的数据（dicom格式，.dcm）转成img格式，当然还附带产生hdr(header)和mat(matrix)文件。 注意：先要在matlab主界面中设好current directory。生成的文件就放在current directory中。如果没注意这个问题，你会迷失方向。 DICOM向导1 设置当前工作路径 DICOM向导2 选好路径后确定 DICOM向导3 从这里开始DICOM DICOM向导4 选中dcm文件 Slice timing 意义： Adjustment for timing differences in multi-slice image acquisition (fMRI). 是对于系列成像间获得时间中的差异较正。尤其是对于事件相关的设计。 关键的参数： Sequence type:选　interleave(1,3..2,4..) Reference slice:参照层。一般以中间那个为参照。＝N/2。如果是16层，就选8。 TR(interscan interval)：一次扫描与下次扫描时间间隔。一般是2秒。 TA(acquisition time):一次扫描中第一层与最后一层之间的时间间隔。=TR-TR/N.一般是1.875秒。 结果： 出现以a开头的img，hdr，mat文件。 Slice timing 向导1 填要进行slice timing处理的被试个数或实验次数 Slice timing 向导2 选中DICOM生成的img文件，使之成蓝色。点击Done。 Slice timing 向导3 Sequence type选择descending，即从上到下。 选user specified,然后敲入interleaved 获得的数据。（如第一层为bottom）可以输入“ 1 3 5 7 9 11 13 15 2 4 6 8 10 12 14” Slice timing 向导4 Reference slice推荐选择时间上居中的那一层slice。（在升序和降序中尤其重要） Interscan interval即TR，根据你实验中设定的值，一般是2秒或1.5秒。 接受缺省值。TA是一次扫描中第一层和最后一层间的时间间隔。当没有内扫描时间间隔时，Acquisition time (TA) = TR – TR/N。N表示一次扫描的层数，一般功能像是16层。所以这里应填1.875。 Slice timing 向导5 耐心等待…… Slicetiming与Realignment的先后关系 这步可以在Realignment之前，也可以在其后，但一定要在Normalization前。 Slicetiming在Realignment之前，如果有显著头动，可以添写来自不同脑区的信号（在头部边缘问题较大）。Slicetiming在Realignment之后，可以把Voxel转到相邻的Slice. 何者在先更好？ （1）时间问题与interleaved acquisition的获得数据方法相关很大。这种情况下推荐slice timing在先。 （2）如果数据是sequential获得的，这里面相邻slice间的时间差异很小，那么realignment要在先，来考察运动效应。 关于Sample bin 当感兴趣的区域在极端的Slice（如top或bottom），那么最好把reference slice 选在与这些区域相应的地方。这样interpolation artifacts 会被最小化。 Sample bin ：如果第一个slice不做reference slice时，那么在统计分析前，默认的sample bin为1。有时需要改变，如中间的time bin 做sample, 此时 sample bin=8. ATTENTION 当TR大于三秒时，最好省略slicetiming. 同时在model specification中还有一些相应变化（可以参考SPM99 Manual 中3.1） Realign 意义：realignment of functional time-series. 关键的步骤： 选a开头的文件。 Which option选*coregisterreslice Create what选*All image