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β散度的非负矩阵分解在基因聚类中的应用
第8 卷 第4 期 Vol.8 No.4
2015 年 2 月 February 2015
β 散度的非负矩阵分解在基因聚类中的应用
崔 建,何光辉*
(重庆大学数学与统计学院,重庆 401331 )
摘要:针对传统的非负矩阵分解(non-negative matrix factorization ,NMF )算法在基因表达数据聚类应用
中的低效性,研究采用一种基于β 散度的 NMF (β-NMF )算法,该方法中β 的选择是一个开放性问题。实验
中β 取不同值分别对基因表达数据进行分解,再通过 K 均值聚类。分析结果并与传统的基于梯度下降的 NMF
和 Kullback–Leibler (KL )散度的NMF 实验做对比,得出当 β 取值为 0.5 时,该算法对基因数据表达谱具有
较好的聚类效果。
关键词:模式识别;β 散度;非负矩阵分解;基因表达数据;聚类;梯度下降
中图分类号:TP391.19 文献标识码:A 文章编号:1674-2850(2015)04-0325-06
Application of β-divergence non-negative matrix factorization in
gene clustering
CUI Jian, HE Guanghui
(College of Mathematics and Statistics, Chongqing University, Chongqing 401331, China)
Abstract: Traditionally non-negative matrix factorization (NMF) algorithm clustering for the application
of gene expression data is inefficient. In this paper, we used NMF algorithm based on β divergence
(β-NMF) to avoid some insufficiency of classical NMF algorithm. It was an open problem to choose the
best optimal value of β. In our experiments, we took different value of β for gene expression data
decomposition, and then clustered gene expression data by K-means algorithm. By analyzing and
comparing experimental results with traditional non-negative matrix decomposition based on gradient
descent and Kullback–Leibler (KL) divergence decomposition, we concluded that when β was 0.5, the
algorithm had an better clustering effect.
Key words: pattern reco
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