IBMPOWER8HPC系统加速.PDFVIP

IBM Systems Group ，路易斯安那州立大学，CCT 路易斯安那州立大学与 IBM 协作动力白皮书。 IBM POWER8? HPC 系统加速 SMT8 多线程 要点 基因组分析 ? 使用x86 处理器体系结构和使用 POWER8 处理器体系结 构制作 De Bruijn 图比较 执行摘要 ? 在 IBM POWER8 （40 节点）HPC 集群上实现基于 Hadoop 为实现大数据分析，当今的计算技术和科学方法要求 的基因组分析- 相较于现有集群，计算节点数少2/3 ，而运 每个处理器提供比以往更多的计算周期，并相应地实 行时性能提升近 3 倍 现极致 I/O 性能。事实证明，LSU 与 IBM 的协作极 ? 利用基于 POWER8 的集群，路易斯安那州立大学(LSU) 得 以在合理时间期限内完成大规模元基因组数据集分析 大加快了基因组分析速度。 ? 有证据证明，IBM SMT8 （可实现高效并行化的同时多线程 技术）是促成洞察速度提高 3 倍的主要因素。 以前，在基于Intel Xeon 的现有120 节点 LSU HPC 集群 ? 数据和计算密集工作负载使用 IBM Spectrum Scale 文件系 上也曾进行过多次 Hadoop 基因组分析尝试，但结果却证 统能获得卓越性能 明，利用现有LSU 资源，无法在合理期限内分析大规模元 ? 探讨 Spectrum Scale 带给基因组分析的更多好处 基因组数据集。在得知 IBM Power Systems 在大数据分析 （例如，ILM、提高容错能力，以及文件系统容量） 方面具备卓越实力后，LSU Center for Computational Technologies 的员工和研究人员希望能够得到 IBM 的帮助。 目录 1. 执行摘要 基于 Hadoop 的现有方法移植到了运行Ubuntu 和 IBM Spectrum Scale （原GPFS ）的IBM Customer Center 40 节 2. 从科学角度探讨 点 POWER8? 集群。结果令人瞠目结舌：在第一阶段 3. 计算资源概要 Hadoop 分析中，仅仅使用 40 个节点就在 6.25 小时内得 4. 结果描述 出了3.2TB 庞大元基因组数据集的分析结果。 了解更多 LSU 和 IBM 非常高兴地报告在这一 Hadoop 数据和计算密 集使用案例中取得的进展，这些进展在未来前景十分可观。 ? 同LSU-CCT 一样，就您的应用程序与 IBM 与IBM 合作开展的更深入研究包括在工作流程的图形分析 Poughkeepsie Benchmark Center 联系 环节使用NoSQL 键值存储。 ? 详细了解基因组医学的高性能基础结构 ? 了解专为您设计的基因组 IBM 参考体系结构 ? 浏览 IBM Power Systems 的HPC 解决方案 ? 查看 IBM Spectrum Scale 数据表 IBM Systems Group