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2017-03-17 发布于广东
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基于GHMM的植物polyA位点识别模型与算法.pdf

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基于GHMM的植物polyA位点识别模型与算法.pdf

吉国力，郑健体，吴小惠，李恒，陈金桥 (厦门大学自动化系，福建厦门361005) 摘要：探讨了隐式马尔可夫模型(HMM)在植物叫y(^)位点识别中的应用．以拟南芥 mRNA州y(^)位点周围序列的棱苷分布的特征为基础，应用改进后的向前一向后(for- w神-b诎w^d)算法，构建并实现了一个基于GHMM(广义隐式马笨可夫模型)的位点识别模型．通过大量的位点识别实验，该模型达到了理想的敏感度和特异度，证明其在生物学应用方面具有很好的可行性和有效性．关键词：生物信息学；poly(A)位点识别；广义隐马尔可夫模型；向前一向后算法 Plant Modeland Identification eoly(A)Site onGHMM Based Algorithm JIGuo—li，ZHENG Jian·fi，WUXiao—hui，LI Heng，CHENJin-qiao of (DepartmentAutomation，XiamenUniversity，Xiamen361005，China) Abstrad：Inthis of article，the application isdiscussed．Basedonthe ofthe distributionaround plantpoly(A)site profile nucleofide唧lence in Generalized is to HiddenMarkovMedalbased devised poly(A)sitesArabidopsis，a algorithm the forwant-backwardis for potential predict poly(A)sites．Thccorresponding algorithmimproved has the ofthe beendemonstratedthe of Imown model．The∽curac7pmgram by predictionmany reaehndOVel90％．11leresults 州y(A)sites．Bothspecie畸alldsensitivityofthep．ragram pmvnd thatthe isfeasibleandeffectiveinthe of pmgmm aspectbiologyapplication． Key words：bi血foⅡ州∞；州y(A)site 近几年来，使用统计概率理论和模型进行生物数据处理以指导生物实验是生物信息学的一个重要研究方向．HMM是一