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基于纳米金的或非门计算模型 　　摘 要：近年来，DNA计算得到了广泛的发展。基于DNA的布尔电路成为其中一个热门的研究方向。本文提出了一种用纳米金代替传统有机染料的新的基于分子信标的与非门模型，与已有的模型相比，该模型结果更可靠，反应更灵敏。 　　关键词：DNA计算 纳米金 分子信标 或非门 　　DNA计算是近年出现的一种新的计算方式[1] 。与此同时，人们也在探索新的研究方向――基于DNA的布尔电路。1999年，Ogihara等首次提出了基于DNA的布尔电路的模拟，并且给出了逻辑电路的DNA实现方法[2] ：使用核酸DNA分子来模拟布尔逻辑，从而最终实现以DNA为核心的分子计算机。2002年，Stojanovic等[3-4]建立了DNA核酶分子逻辑门。2006年，Seelig等使用寡核苷酸作为输入和输出来执行一套完整的布尔逻辑函数[5] 。2010年，Zhang等人利用环状DNA作为亚基，以纳米金作为检测手段，构建了环状的DNA逻辑门[6] 。 　　随着微电子信息技术朝着纳米电子学和光子信息处理领域发展，纳米电子器件的构建越来越受到研究者的广泛关注[7-9] 。在电子集成电路中，逻辑门将电子信号转化成二进制信号，它接受布尔输入为真或假值并且产生相应的布尔输出。本文在介绍了基于分子信标的或非门 模型后，引入了一种基于纳米金的或非门[10-11]模型，该模型结果更可靠，反应更灵敏。 　　一、分子信标与纳米金 　　1.分子信标 　　“发夹”是单链核酸分子通过局部互杂交而形成的茎环结构。分子信标本身是一种可以特异性地识别核酸序列的荧光探针，呈“发夹型”。自1996年Tyagi和Kramer首次建立了分子信标探针以来，其作为一种新型的荧光探针得到了广泛的应用[11] 。其工作原理（图1）：中心的环区用来与目标DNA结合，两侧的茎区是互补结构且两端分别被荧光剂和淬灭剂修饰。当目标DNA与茎环部特异结合后，分子信标两端距离增加，荧光剂和淬灭剂分离，荧光产生。 　　图1.分子信标的工作原理 　　一般来说，分子信标只修饰一个单一的发光基团，通过杂交后荧光的变化，一种分子信标只可检测一种靶序列。我们的目的是想要实现不同的分子信标能够检测多种靶序列。例如，Tyagi等利用4种不同的分子信标进行等位基因检测[12]。这四个信标分子环状区同一位置只有一个碱基组成不同，所连接的荧光基团则分别具有不同的激发波长和发射波长。将这四种分子信标等量混合放入四个试管中，并分别加入靶序列。只有与靶序列完全匹配的分子信标才能发生特异性结合，并在相应激发波长下发射出荧光。应用这种方法，根据具体的荧光基团采用不同波长的激发光源和在不同的特定波长处采集相应的荧光信号，但相对测定比较困难。 　　2.分子信标与纳米金技术结合 　　纳米金是金的粒径为1-100nm之间的粒子，分散在水溶液或油溶液中，是化学和生物分子良好的支架。Mirkin研究组利用纳米金与巯基之间能够形成稳定的Au-S键的性质制备了纳米探针并用于检测DNA [13-15]。 　　分子信标中最常用的淬灭剂是DABCYL，但近年来Dubertrel等用纳米金粒子簇代替了DABCYL，避免了DABCYL的缺陷 [16]。他将DNA的3’端修饰巯基、5’端修饰荧光染料，利用巯基与纳米金之间的共价吸引力将DNA连接到纳米金上制成探针，同时5’端的荧光染料也由于化学键的作用连到纳米金颗粒上，导致荧光染料100%的荧光淬灭。该探针与靶序列杂交后，5’端的荧光染料会从纳米金颗粒上脱离，荧光恢复，可以超灵敏检测DNA序列。 　　二、或非门的计算模型 　　1.设计原理 　　基于纳米金技术，我们设计了一个基于纳米金的逻辑门：选择两种DNA-纳米金复合物作为底物，每个颗粒表面同时结合分子信标和单链DNA，选用纳米金作为淬灭剂，茎环结构与纳米金直接作用的一段进行巯基化（图2）。 　　图2.基于纳米金巯基化过程 　　2.逻辑模型的算法 　　2.1对于所需要的DNA序列进行编码，生成各条寡核苷酸链，得到的寡核苷酸链经过PAGE纯化；分子信标经过HPLC纯化。 　　2.2对长度为20nt的分子信标的3’端加荧光剂FAM。定义或门中有两种荧光同时生成是输出“1”；其他情况输出“0”。 　　2.3对S123和S789在5’端巯基化，在溶液中结合成稳定的状态，并引入10nt的寡核苷酸链；单链S456和Sabc同样分别进行巯基化。 　　2.4分别输入Sl*2*3*c*b*和S5*6*8*9*7*后，输出： 　　（0，0）无反应，无荧光产生，输出0；（1，0），S123打开茎环，荧光产生，输出值为1；（0，1），S789打开茎环，荧光产生，输出值为1；（1， 1）S123和S789都打开茎环，FAM荧