在不同环境中的微生物种群的定量的系统发生鉴定理念.pptVIP

在不同环境中的微生物种群的定量的系统发生鉴定 张晓军 2009.5.26 结论 新的分类鉴定方法，直观，精确。能直观的反映细菌种群的进化速率和变异能力，以及种群的亲缘关系。 * 提取细菌基因组，用通用引物将细菌16S rDNA序列PCR扩增出来，长度1.5k左右，克隆后送去测序，这样测序效果要好些。然后将序列送至基因库中进行比对，同源性最高，且至少达到97％以上可认为是同一种。也可以将序列下载后用比对软件进行生物进化分析，可以看到与各菌种间亲缘关系。 一、细菌分类鉴定的传统方法 二、鉴定的新方法 采用在环境中大型全基因组鸟枪测序的资料中分离 出来的一组编码蛋白的MARKER基因，提供了一种比传统 方法更加直观定量和精确的群落成分图谱 从环境中的DNA碎片中分离鉴定MARKER基因 在测序的基因组中对marker基因定位 测试所有的可能的系统位置（在一个测序的参照系统发育树中） 采用最大似然法将DNA碎片定位（报告一个可信范围） 农田土壤 海洋表面水层 酸性的矿厂排水 深海鲸鱼骨头 三、从已测序的数据库中对比不同生存环境的种群的16srRNA 四、分支变异的比较 *