人类基因组的单核苷酸多态性及其医学应用.pdfVIP

人 调l里 张 徽 中华医学遗传学杂志1999年4月第lB卷笫2期 Chin JMed Genet，April．】999，Vol】6，No z 7f7一c 2， ·综j · 人类基因组的单核苷酸多态性及其医学应用 张思仲 _ ～ _ 另一类更加普遍的多态性是基因组 碱基不同，另一些作者估计碱基的变异频 1 引育 中散在的单个碱基的不同。过种不同虽然 率在0．5％～1o‰之间。如果假定1／1000 人类基因组计划已经取得了显著的 也包括单十碱基的缺失和插入，但更多的 的碱基是多态的话，那么人类30亿戚丛 进展，约占整个基因组6．3 的DNA序列 是单十碱基的置换，即单拔苷酸的多态性 中当有约三百万 SNP缸 。由此可见， 已被测定，巳鉴定的基固7 484十，约1万 (singLe nucLeotide po[ymorphism，SNP)。 SNP数比徽卫星标 数要商出几十数量 条人类基因的序列巳被克隆。人类基因组 SNP为数众多．分布广泛。如果比较任意 级 全序列测定预计可 提前在 2003年完 两条耐源染色炸的臧基序列，那幺乎均约 尽管就单个SNP而言H有阿种坐异 成 。 1000碱基对(bp)就有一十碱基不同。单十 体t变异程度不如微卫星或小p星DNA。 人类基因组是一个十分稳定的体系， 碱基变异能导致基因功能异常者习惯上 但SNP在基因组中数量巨犬．讣 频密， 不同的民族、群体和个体都有46条染色 被称为突变。 因此就整体而论．它们的多态性璺高得 体，有相同数目的基 和基因分布，也有 随着人类基固组计划的进展，人们愈 多。而且由于SNP是二态的，易于自动化 基本相同的枝苷酸序列。正是基因组结构 来愈相信基因组中的这类多态性有助于 批量控测，因而被认为是新一代竹遗f擘标 的这种稳定性保证了人类作为～十物种 解释十『车的表型差异、不同群体和个体对 记(第1代的遗传标记是RFLP，第2代足 的共同性和稳定性+也决定了目前基因组 疾病，特别是对复杂疾病的易感性、 及 各种短串联重复序列STR标记)。目前的 测定是有意义的，即有代表性的。 对各种药物的耐受性和对环境因子的反 SNP计蜘希望首先鉴驯出已知基因舶 然而人类基因组叉是一个变异的体 应。因此，寻找研究SNP已或为人类基固 eSNP．然后在 5年内制作出拥有1∞ 000 系。在长期进化的过程中，基因组的DNA 组计划的内容和目标之一_l棚。例如美国 十SNPs的基因组．以满足比较均质群体 序列不断地发生变异。这些变异可能是有 国立卫生研究院(NIH)在 1 998年准备斥 中的关联分析和其它研究的需要 。 害的、有益的或中性的，它们其中的一些 资4 000万美元就SNP的检测技术及应 SNP在单十基因或整十基因组中的 杖保存下来，导致了不同种族、群体和个 用进行招标，并强{尉SNP计蜘的迫切 分布不是均匀的 有根据认为．由于选择 体问基因组的差异或多态性。酴了同卵双 性 。本文拟在对人类基因组SNP作一 压力等原因，SNP在非转录序列中要多于 生子外，没有两个个体的基因组是完垒相 简要说明的基础上，着重介绍SNP的医 转录序列。由于基因组中为蛋白质编码帕 同的。 学意义及其应用，并兼及一些发展中的批 序列仅约为3 ，绝太多数SNP当位于非 随着基因组涮序的进展，全面深入地 量鉴定和榆出SNP的方法。 编码区。在蛋白质编码区的SNP被称为 r解个体和群体问基因组的变异或多态 cSNP．它 们和垃于表达稠拄序列中的 2 单核苷酸多态性 性巳成为可能，并日益显示其重垂性。这 SNP在功能或致病方而具有豇重要的意 不仅因为更多的多态性标记有助于基因 单棱甘酸多态性(SNP)是指基因组 义_| 。这样的多态性常被称为功