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第四章 动物遗传标记 遗传标记(genetic marker)：是指能够用于区别生物个体或群体及其特定基因型、并能稳定遗传的物质标志。 遗传标记类型： 形 态 学 标 记 细胞遗传标记 生化遗传标记 免疫遗传标记 分子遗传标记 1、形态学标记 形态学标记（morphological marker):能够用肉眼识别和观察、明确显示遗传多样性的外观性状。 动物毛色、角形、冠形、耳型、体型、外貌。 1、形态学标记 主要用于动物品种和优良个体鉴定。伯乐相马、家畜外貌鉴定。 优点：简单直观 缺点：标记数目少，多态性低，受环境影响大，选择准确性差、时间长、选择效率低。 2、细胞遗传标记 细胞遗传标记（cytological genetic marker）：染色体核型（染色体数目、大小、随梯、着丝点位置、核仁组织区）、带型（Q、G、C、R）和数量特征的变异。 反映了染色体结构和数量的遗传多态性。 2、细胞遗传标记 优点：不受环境影响，孟德尔方式遗传，多态性主要集中在染色体DNA高度重复的异染色体区。 缺点：培育和选择费用大，获得标记困难，难以观测和鉴定，带有的标记对生物有害（动物忍受染色体结构、数目变化的能力差）。 3、生化遗传标记 生化遗传标记（biochemical genetic marker ）：同一动物个体中具有相同功能蛋白质存在两种以上的变异体。 主要用淀粉凝胶电泳对蛋白质分型。常用于对血液蛋白质进行分型。 4、免疫遗传标记 免疫遗传标记（immunogenetical marker ):以动物的免疫特性为标记，包括红细胞抗原多态性和白细胞抗原多态性。 动物红细胞表面存在可区分的复杂的血型特异抗原，是划分血型的基本因子，受基因支配。 4、免疫遗传标记 白细胞表面抗原中主要组织相容性复合体（major his-compatibility complex, MHC) 是最复杂、最具遗传多样性的体系。 MHC遗传结构独特，连锁基因呈单倍性遗传，多态性复杂。 MHC编码组织相容性抗原，控制移植排斥反应，调节免疫应答和支配免疫细胞亚群的协同作用。 免疫遗传标记和生化遗传标记 优点：（与形态标记血、细胞遗传标记）数量更丰富，受环境影响小，检测简便。 缺点：血液蛋白型、血型抗原都是基因表达的产物，仅反映基因组编码区的遗传信息，标记数量有限，不能很好的覆盖整个基因组。 5、分子遗传标记 分子遗传标记（molecular genetic marker)：是以DNA 多态性为基础的遗传标记。无表型效应、不受环境影响； 理想的分子遗传标记应具备的特点 遗传多态性高； 检测手段简单快捷，易实现自动化； 遗传共显性。 5、分子遗传标记 RFLP——限制性片段长度多态性 VNTR——可变串联重复序列 S T R——短串联重复序列 RAPD——随机扩增多态性DNA AFLP——扩增片段长度多态性 S N P——单核苷酸多态性 mtDNA——线粒体DNA RFLP 限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism RFLP) 最早的DNA标记 两个个体间由于序列的变异造成增加或缺失一个限制性酶切位点，从而产生不同的酶切结果 限制性酶切位点：被特定的内切酶所识别的4个或更多个碱基组成的特异性序列。 RFLP 除了某些病毒以外，限制性内切酶只在原核生物中被发现限制性内切酶的主要功能是保护细菌不受噬菌体的感染。 甲基化酶修饰可保护细胞自身的DNA不被限制性内切酶破坏。 RFLP 标记鉴定方法 提取不同个体或群体的DNA 酶切，基因组被切成大小不等的DNA片段 电泳，将大小不等的DNA片段分离 Southern 杂交 探针必须含有酶切位点的区域 RFLP 分析过程 RFLP 分析结果 RFLP 标记的特点 可靠——重现性好 目的序列已知时才能检测 操作复杂——自动化程度低 耗时长——至少需要2天，通常3-7天 多态信息含量低——人类基因组大约含有 60,000 RFLPs PCR-RFLP VNTR 可变串联重复序列（variable number random repeated sequence,VNTR),也称小卫星。 在酶切片段里边核心序列重复次数不同导致酶切片段长度的差异 又称为DNA指纹 与 RFLP 分析方法类似，利用探针杂交检测 区别在于酶切位点不在可变重复区，而在侧翼区 VNTR 分析过程 VNTR 检测结果 VNTR 标记的特点 多态性检测率高——一个探针可以检测出十几个甚至几十个位点的多态信息 位点呈共显性遗传 个体具有高度特异性 技术复杂，实验成本高 有时谱带过于复杂，难于分辨 VNTR 应用 计算遗传距离 杂种优势预测 亲子鉴定 - 1/1000