沼泽型水牛SRY基因的体外扩增及序列分析.pdfVIP

反刍动物分子遗传与育种皿141 沼泽型水牛SRY基因的体外扩增及序列分析① 张毅②张沅③俞英 马妍 (中国农业大学动物科技学院，北京，100094) 摘要：SRY基因是哺乳动物Y染色体上重要的性别决定基因。本研究根据河流型水牛厦家牛 (B0s 致精氨酸一甘氨酸。本研究报道的沼泽型水牛SRY基因序列可以应用于水牛群体遗传关系研究、水牛 性别发育异常个体的遗传分析以及设计水牛性别鉴定方法。 关键词：沼泽型；水牛；SRY；SNP 哺乳动物胚胎期的性别分化是受Y染色体上的性别决定基因(Sex—determiningL3硎on onthe gene Y 变异会导致XY，性分化异常，在人类_4J、牛_5o中均有相关报道。此外，SRY基因序列可以作为生物系 统进化及群体遗传学研究的有力工具，从父系角度分析生物进化关系及群俸分化历史，作为母系遗 introgres。 列分析部分亚洲家牛群体的遗传关系，发现在一些群体中存在雄性主导的基因渐渗(genetic sion)现象‘…。 型水牛与河流型水牛SRY基因间的遗传变异，寻找用于家养水牛群体遗传分析的Y染色体上的遗传标 记，我们扩增、测序了沼泽型水牛的SRY基因，并进行了序列变异分析。 1材料和方法 1．1实验材料 量标准，蛋白酶K，苯酚，琼脂糖购臼北京鼎国生物技术公司及华美生物工程公司。DNA纯化回收试剂 盒(GENECLEAN)购白毕龙转基因有限公副。其余化学试剂从巾国农业大学供应科购买。 1 2 DNA提取 按照标准的蛋白酶K／SDS消化、苯酚一氯仿抽提法从耳组织样中提取水牛基因组DNA[2J。 1．3引物设计及PCR扩增 ① 资助项目：国家重点基础研究发展规划项日(G20∞016105) ②作者简介：张毅([979．)，男，博上研究牛，研究A向：动物遗传育种山向 educn ③通讯作占：张沅(1943一)．男，教授，博士生导师。E-nlail：chmlgy@cau 142毋虫垦塾塑堡焦宣壁堡窒堂垦 物技术公司合成。 1u。扩增反应以雄性样品为扩增对象，雌性样品作为对照。引物序列及PCR反应条件见表1。 表1 PCR引物殛扩增条件 1．4 DNA测序及序列分析 Frame 中心)网站的在线分析工具ORFFinder(Open Reading 列与Genebank中的河流型水牛SRY序列进行比对，寻找变异位点。 2结果 采用参照河流型水牛及家牛SRY基凼序列设汁的引物，在雄性沼泽型水牛L扩增出I条特异的 DNA谱带，而雌性对照没有此条带(图1)，说明扩增获得了雄性特异的目的片段。 图1沼泽型水牛SRY基因的PCR扩增结果 M：分子量标准200bp[adder；1为雄性样品 2为雌性对照，3为阴性空白对照 对扩增产物纯化回收并进行双向测序，得到了包含整个SRY基因编码区及部分侧翼序列的摺泽型 水牛SRY基因序列。序列分析表明：与河流型水牛及其他牛亚科动物的SRY序列相似，沼泽型水牛的 唯一的保守区——HMGbox位于第51个氨基酸与第130个氨基酸之间(图2)。 图2沼泽型水牛SRY基因结构示意图 box 扩增片段共94Sbp，基困编码区690be，HMG 240bp，突变位点在编码区2ff2bp