细胞培养及其反应器过程的多尺度与系统生物学研究.pdfVIP

J002 细胞培养及其反应器过程的多尺度与系统生物学研究 张嗣良，储炬，叶帮策，庄英萍、王永红 华东理工大学 生物反应器工程国家重点实验室 国家生化工程技术研究中心（上海），上海 200237 摘 要 本文在讨论当前细胞大规模培养过程优化研究的局限性后，认为采用传统的生物学方法 或宏观动力学的研究方法，对活体细胞的发酵调控来说存在很多问题。此外，由单一生理调控机 制出发做出的解释只揭示了生理调控的局部和某一时段的特点，因此难于对整个过程控制和优化 起决定性作用。为此，作者提出了生物反应器多尺度问题研究的重要性，并以鸟苷等十多个发酵 产品为对象进行了深入的多尺度研究，取得了重要结果。随着生物技术由分解、细化的各种组学 研究发展到以整合为特点的系统生物学研究，本文又进一步研究了以系统生物学为背景的多尺度 系统研究特点、内容和方法，认为在分子生物学和生化工程学科基础上发展起来的生物反应器系 统生物学研究，有可能快速地确定菌种功能的大量基因，产生跳越式而不是递增式改良，并且把 菌种改良与发酵过程开发统一起来，这对细胞培养及其反应器过程优化具有极重要意义。 借助于细胞培养进行药物及其他化合物生物合成的生产已占生物技术产品的 40 ％以 上，达上千亿美元的产值。而且随着生物技术的发展，还呈现不断发展的趋势。其中利用微 生物进行发酵的方法是最成熟的方法，可以分为以常规微生物为基础的传统生物技术和以基 因工程菌为基础的现代生物技术产业。随着生物技术的发展，培养的细胞不仅只是微生物， 还有动物细胞、植物细胞和藻类细胞大规模培养，显露出今人鼓舞的技术进展。可以说，在 人类今后发现的一切具有生物活性的物质都可以借助于细胞培养方法得到。它们可以是细胞 代谢产物、生物转化、或基因表达产物。 此外，特别重要的是随着煤、石油等能源的耗竭以及环境保护的急需，如果没有基于科 技进步的大力开发，能源和资源将难以支撑人类社会进一步发展的目标。总之，传统的粗放 型经济增长方式必定走到尽头，未来的发展必须走新型工业化道路，走资源节约型、环境友 好型的道路，对我国更是如此。 基于活细胞培养的生物过程技术是解决上述问题的重要依托技术之一，是一个关系到今 后国民经济发展的重要战略平台技术。 1 当前细胞大规模培养过程研究的局限性 以发酵工程为代表的人类利用活细胞进行产品生产已有几千年的历史，作为用于产业化 生产的工业应用，核心的问题就是高效的菌种（或细胞株）和过程优化。随着近代科学技术 的发展，特别是生物技术与化学工程研究相结合，生物过程研究有了深入的开展，但是还存 在着理论和方法上的局限性，归纳起来主要表现在以下几点。 (1)随着对细胞大规模培养技术的深入研究和对以分批培养为主要对象的发酵过程参数 的时变性、多样性、耦合性和不确定性的认识，建立了以过程动力学为基础的数学模型，引 进了一系列现代控制理论，其中有静态和动态优化、系统识别、自适应控制、专家系统、模 糊控制、神经元网络、直到各种混沌现象的研究。这种适应发酵过程非线性特征的研究方法 为细胞大规模培养技术研究的深入开展起了推进作用。但是，也应该看到，在实际工厂生产 上实现过程优化仍有很大局限性，效果不明显。 (2)从发酵过程放大来说，有人把“放大”分为两个基本问题，其一是发酵条件的研究 与设计；其二是设计满足这些过程条件的反应器。就某种意义上，第一个问题实质上是发酵 过程动力学的问题，第二个是工程水平的传递和混和问题。必须认识到，除非完全以微生物 反应动力学与周围环境传递条件相结合的模型建立，否则过程放大最终还是落实到系统几何 相似、流体运动学相似和流体动力学相似，具体来说有因次分析法、经验法则法、综合机理 的数学模拟法以及时间常数法等放大方法。事实上，要同时满足这些相似条件是不可能的， 只要有一个似乎微不足道的因素设有被研究或发现，就可能成为限制因素，造成过程扰动。 于是，发酵过程放大仍旧是一个令人困惑的问题，从摇瓶到发酵罐的差异，甚至同样的操作 条件，只不过从几十升的发酵罐到几十立方米，但结果往往面目全非。 (3) 作为用于产业化生产的工业微生物，必需具备高生产能力，其中最关键的技术就是 如何得到高产菌种以及相应的过程优化控制技术。但是，由于发酵过程特征数据采集的困难 和过程酶学研究的困难，发酵工艺开发研究时只能采用最佳工艺控制点为依据的静态操作方 法，缺乏代谢流变化的实时分析。所依据的基本思想和方法