介面之标准 D 功能.docVIP

這節我們要介紹介面之標準 3D 功能，我們將以 Si 來做為示範的材料 然後我們直接 Import Si 這個結構進來 先將 cell 轉成 primitive cell ，以節省計算時間 然後直接進行 CASTEP 計算，這裡先不做任何設定，直接以預設值來算。 算完後，我們可以在 3D model 視窗中按下右鍵，會出現如下選項 先選擇 Label，這個選項的細部功能有很多，我們可以為我們的模型中的原子，其各種相關數值，如電量、質量、原子名稱、座標.......... 有許多的項目可以選擇 而且，除了全部的原子都可顯示外，也可選取單顆或某幾顆原子來顯示。 方法是先選擇快捷列上的選取鍵 然後按住 Ctrl 鍵，並用滑鼠選取想顯示的原子，再用相同的方式來顯示 Label 上圖這選項是可以自訂名稱的，可以讓我們標出我們想要的名稱。如下設定 其他項目也是相同原理，各位可以自行練習。 接下來是 Display Style 的應用，一樣在在 3D model 視窗中按下右鍵，選擇 Display Style 選項 我們先選擇 Atom 選單，這裡可以秀出我們想顯示原子或是鍵的方式，當然這選項和我們所用的機器顯示效能有關，要是我們使用的機器效能並不是很好的話，我們就可以選擇不要太多貼圖的顯示方式，這裡我選擇了 Ball and stick 的顯示方式。然後右邊的 Ball radius 可以控制顯示原子的半徑大小，Stick radius 則是控制鍵的粗細 接下來我以 NaCl 為例，我選擇了 CPK 的顯示方式。然後右邊的 CPK scale 可以控制顯示原子的大小，Line width 則是控制鍵的粗細 我再以 SiO2_quartz 為例，我選擇了 Polyhedron 的顯示方式 這些不同的顯示方式，可以使我們更容易瞭解不同晶體的特性，使我們更能藉此瞭解這些結構。另外，Bond type 的選項可讓我們在顯示像是苯環等有 π鍵的結構，都可以顯現出來。當然，我們也可自訂原子的顯示顏色。 接下來介紹的是 Lattice 的標籤選單，左邊有各 Display Range，這是可以將我們的結構顯示範圍變大的功能，這是在 Cerius2 中所沒有的功能，這裡要注意的是，他只是將顯示範圍變大，和 supercell 並不相同。這功能在觀看範圍窄小的 primitive cell 更是有極大的幫助。 例如，我們將 Min 調成 -0.5 Max 調成 1.5 (可以非整數) ，並且將複雜的 Lattice 關掉(選擇 None)， 則畫面會變成下圖。 左邊的 Littice 可以選 Littice 的呈現方式及顏色。 接下來延續這一小段，我們繼續介紹 isosurface，將 CASTEP Analysis 功能打開，直接分析電荷密度。 由於我們將整個 Littice range 放大了，所以呈現出來的也是大範圍的區域。比起小小的 primitive cell 是不是更顯的漂亮呢。 我們按下 Volumetic Selection 這個快捷圖示，便可以將已載入的的元件顯現出來。 將 Isosurface 這勾選的項目，取消就可以讓它隱藏不要顯示出來，若是想要真的從 3D_model 中完全刪去的話，則只要將 Isosurface 顯現出來，然後在畫面中選取它，按下 Delete 即可。在 Volumetic Selection 中，我們也可選擇顯示 total electron density ，預設是會將場給顯現出來。這個場是電子在空間中的分佈， Isosurface 則是顯示出等位面。 在 Analysis 的項目中，我們再選擇 Potentials 這個項目，並且不要勾選 View isosurface on import 這個項目，然後 Import 進來，這時看起來並不會發生任何改變，那是因為我們先不勾選 View isosurface on import 這個項目的關係。 然後我們可以在 Volumetic Selection 視窗中看到新載入的 Poetntial，將它勾選起來，這時所看到的就是在等電位密度中做出電位高低的貼圖，這可以讓我們知道極性。 這張圖還不是相當的清楚，我們可以在 Display Style 中做些修改。 將 Field 的 Show Box 選項先勾除，讓畫面變的較簡單，順便在這裡介紹一下，這選單中還可以讓我們決定場要如何表現，像是用點 (Dots) 或是 用 Volume ， Volume 還可以選擇要求的精細度還有透明度(Transparency) ，顏色也可自訂，這裡因為之前的 Littice ran