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生物芯片技术及其发展 生物芯片的定义 生物芯片（Biochip或Bioarray）是指包被在固相载体上的高密度DNA、抗原、抗体、细胞或组织的微点阵(microarray）。 生物芯片包括DNA芯片、抗原芯片、抗体芯片、细胞芯片、组织芯片等。 1998年世界十大科技突破之一。 未来十年最具发展潜力的技术。 特点 高度并行性：提高实验进程、利于显示图谱的快速对照和阅读。 多样性：可进行样品的多方面分析，提高精确性，减少误差。 微型化：减少试剂用量和反应液体积，提高样品浓度和反应速率。 自动化：降低成本，保证质量。 生物芯片分类 尚未统一。 广义上：矩阵型芯片、处理型芯片 固化材料：基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片 研究历史 1991 Affymatrix公司Stephen Fodor:光刻与光化学技术、 多肽和寡聚核苷酸微阵列。DNA Chip概念 Stanford大学Brown实验室：预先合成，机械手阵列 1995 Schena等：基因表达谱 1996 Chee et al：DNA测序 1996 Cronin et al：突变检测 1996 Sapolsley Lipshutz：基因图克隆 1996 Shalon et al：复杂DNA样本分析 1996 Shoemaker et al：缺省突变定量表型分析 分类（根据应用） 基因变异检测芯片 疾病检测(如HIV、P53基因、结核杆菌) 法医鉴定(如DNA指纹图谱) 表达谱芯片 肿瘤相关基因(正常与肿瘤组织表达差异) 药物筛选(培养细胞药物刺激前后表达差异) 发育(同一组织不同发育时期基因表达差异) 组织发生(不同组织或器官的基因表达差异) 分类（根据工艺和载体） 原位合成法：密集程度高，可合成任意序列的寡聚核苷酸，但特异性较差，寡聚核苷酸合成长度有限，且随长度增加，合成错误率增高。成本较高，设计和制造较烦琐费时。 DNA微矩阵法：成本低，易操作，点样密度通常能满足需要。芯片的载体需表面紧质、光滑的固体，如硅，陶，玻璃等，DNA微矩阵芯片常用玻片为载体。 分类（根据DNA成分） 寡聚核苷酸或DNA片段：约20?25个核苷酸碱基，常用于基因类型的分析，如突变、正常变异（多态性）。 全部或部分cDNA：约500?5000个核苷酸碱基，通常用于两种或以上样本的相关基因表达分析。 基因芯片的种类 Science Chip：生物分析和诊断。 Nutri Chip：食物分析、转基因、污染检测。 Leuko Chip：血液分析、病毒分析、HLA分析。 Aqua Chip：水质分析。 Secure Chip：含DNA的物质鉴定。 Chromo Chip：基因分析和染色体序列。 Prokaryo Chip：原核生物、兽医、环保等。 生物芯片技术主要环节 芯片制备：微点阵 样本制备：DNA提纯、扩增、标记 杂交：样本与互补模板形成双链 检测：共聚焦扫描，双色激光 数据处理：定量软件，数据库检索，RNA印迹等。 结果 生物芯片分析 1、测定过程应包括五个基本步骤： 需解决的生物学问题 样本制备 生物化学反应 检测 数据分析 芯片制备 原位合成法（in situ synthesis):又可分为原位光控合成法和原位标准试剂合成法。适用于寡核苷酸，使用光引导化学原位合成技术。是目前制造高密度寡核苷酸最为成功的方法。 合成后交联（post-synthetic attachment):利用手工或自动点样装置将预先制备好的寡核苷酸或cDNA样品点在经特殊处理过的玻片或其他材料上。主要用于诊断、检测病原体及其他特殊要求的中、低密度芯片的制备。 两种制备方法比较 原位合成：测序、查明点突变 高密度、根据已知的DNA编制程序 制作复杂、价格昂贵、不能测定未知DNA序列 合成后交联：比较分析 制备方式直接和简单，点样的样品可事先纯化， 交联方式多样，可设计和制备符合自己需要的芯片。 中、低密度，样品浪费较多且制备前需储存大量样品。 杂交 是芯片技术中除方阵构建外最重要的一步 液相中探针与DNA片段按碱基配对规则形成双链反应。 选择杂交条件时，必须满足检测时的灵敏度和特异性。使能检测到低丰度基因，且能保证每条探针都能与互补模板杂交。 合适长度的DNA有利于与探针杂交。 温度、非特异性本底等均会影响杂交结果。 最好在封闭循环条件下杂交，杂交炉。 样本制备 制备高质量样本是困难的但又是极其重要的。制备细胞、组织或整个器官样本应特别小心。温度、激素和营养环境、遗传背景、组织成分等轻微改变都会使基因表达的结果发生明显变化。 用于基因类型分析的样本是DNA，用于表达研究的样本是cDNA。 样本制备后应进行标记，通常为酶标记、荧光标记和核素标记。 结果分析 芯片与标记的靶DN