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基于质谱技术的计算蛋白质组学研究

222 E 2006, 36(2): 222~234 1** (1. 1,2 1,2 31 , 100080; 2. ; , * 1,2 1 1,2 1,2 , 100039; 3. , 200031) . , . . 3 , 20 90 (human genome project, HGP) , ; HGP 2003 , 21 . (proteomics) ; (computational proteomics) , , , [1]. , , , . : 2005-09-28; : 2005-11-17 * “973” (2002CB713807) ** E-mail: rxsun@ (2004BA711A21) SCIENCE IN CHINA Ser. E Information Sciences 2: , , 1). spectrometry, MS) MALDI . ESI , , , , 223 . (mass 2002 [2~5]. 1 . 1 ” , . , ;5 ; 23 KSDP ;4 “ pFind, ”“ DNA 20 , (primary structure) 1, ; . 1) . 1 ,, . Edman . , , 2004 7 224 E 36 ,, ; : (mass spectrometer) (, ), ; , , (protein identification). , ( ), , ,. (ion source) (mass analyzer) (detector) . ,, , , ,, , (peptide mass fingerprinting, PMF); , (collision-induced dissociation, CID), ,, (MS/MS, Tandem MS). MS/MS , (2 ). MS/MS , . MS/MS ,2 2 MS/MS SCIENCE IN CHINA Ser. E Information Sciences 2: 225 , , EGVNDNEEGFFSAR 1570.6 u. CID ,N , . CID , a, b, c , a-x,b-y,c-z, ., ,, 2 MS/MS .2 ,. m/z; 14 , ( ) C x, y, z 3 4. ., by . , , , 3 2 1) 4 KSDP . : pFind . 226 E 36 2) 3) , 2.1 (de novo peptide sequencing). , . ,. (tag), KSDP[6] , . . ,, . (cross correlation) [7] Mascot SEQUEST [8] . ., , 10 , . , ,, , . ,, , ., ,, (kernel spectrum dot product, KSDP). (SDP) , , ., ., 5 KSDP , 5(b) (c) 6y ,, , KSDP KSDP SEQUEST, Sonar MS/MS[9] . 1, 230 1323 , KSDP , . (b) , SCIENCE IN CHINA Ser. E Information Sciences 2: 227 5 KSDP (a) ; (b) 6 y ; (c) 6 1 KSDP y A-1,2 A a) Sonar MS/MS 230 1323 KSDP 10 40 , SEQUEST 16 66 1323 Sonar MS/MS 46 ?a) [6]. 2.2 , ,, pFind [10] KSDP , pFind, ( ), 7 , 2.0 , pFind , pFind 6 . , 6 pFind 228 E 36 7 pFind pFind 3 , , . [11] , , ,, , . , , C,H,N,O,S,P , ,, , , 8. . ,. . , FFP(fragment formula prediction)[11]. C,H,N,O,S,P ,, ,, ., , Q-TOF 500 u . 50 Q-TOF 9, (0~300 u) SCIENCE IN CHINA Ser. E Information Sciences . , 2: 229 83%, 5 [11]. . 97%; (300~500 u) 5 95%, , 8 9 FFP 4 , ,, 230 E 36 , proteomics) . , (disease proteomics) , ., . , . ,, , (quantitative ., 4.1 , , electrophoresis, 2DE). [12

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