网路游戏新用途.PDFVIP

網路遊戲新用途 網路遊戲不只是令人玩物喪志的可怕誘惑，也不只是讓網路公司日進斗金的生財工具，更不只是網路玩家 們殺時間用的玩具。透過凝聚網友們挑戰遊戲關卡所需的精力跟創造力，科學家得以解開棘手已久的蛋白 質結構。這究竟是怎麼辦到的呢？ 每天網路玩家在網路上投資的心力與時間所產生的龐大利益，由近年來臉書 （Facebook）小遊戲的風行可見一斑。網路玩家們的時間與精力除了為網路遊戲 公司帶來大筆的金錢外，也引起科學家們的興趣，並開始研究如何將玩家們用來 解開遊戲難題的智慧與時間導向科學問題的研究上。兩篇先後於 2010年 8月以 及2011年9月發表在自然（Nature）期刊以及Nature Structural Molecular Biology 期刊上的文章，成功證明科學家能夠使用網路遊戲做為媒介，將玩家們集合起來 解開困難的科學問題。 蛋白質結構研究的漫漫長路 解開特定蛋白質的結構是一件需要花費很多時間與精力的困難工作。要瞭解如 何解開蛋白質的結構得先從蛋白質的基本結構說起。 蛋白質由 20 種胺基酸所構成，胺基酸彼此連接的型態就有如串珠遊戲的珠子 一樣，一個個串成蛋白質的骨幹（backbone）。同時，胺基酸們還會在骨幹上延 伸形成不同的支鏈（side chain），使得蛋白質骨幹看起來就像是蜈蚣一樣蜿蜒扭 曲。胺基酸所形成的胺基酸珠鏈，就是蛋白質的一級結構。 胺基酸珠鏈並不是蛋白質在執行任務時的最終型態，而只是蛋白質的一級結構 而已。胺基酸珠鏈會依據不同的情況形成穩定的二級結構。一般最常見的二級結 構的形狀有螺旋狀體（α螺旋，即α-helix）以及板狀體（β平板，即β-sheet） 兩種。這兩種形狀的蛋白質二級結構是蛋白質最基本的三維構造元件。 就像串珠遊戲或是樂高積木藉由單純的珠子或積木可以組成各種不同的形狀 一樣，蛋白質的胺基酸珠鏈最終可以形成的三維結構也是千變萬化。為了解開這 些結構的廬山真面目，不知白了多少科學家的頭髮。 為什麼科學家們要想方設法解開蛋白質的結構呢？因為蛋白質憑著獨特的三 維結構，可以準確的鎖定特定目標進行作用。以消化道中負責分解食物的酵素為 例，消化酵素有許多種，各自負有不同任務：有的負責分解澱粉類、有的負責分 解油脂類，有的負責肉類的分解。就像鑰匙與鎖頭有著特定配對的關係一樣，憑 著特定的三維結構，這些酵素才能鎖定正確的目標進行繁複的作業，各司其職。 此外，身體在健康與生病的時候會分泌不同的蛋白質，瞭解蛋白質的結構就可以 製造相對應的試劑來偵測疾病的產生或是發展治療疾病的新藥物。因此解開蛋白 質的三維結構，有助於科學家瞭解蛋白質進行任務的詳細機轉，發展更有效的新 1 藥物。 一般而言，研究蛋白質結構的步驟可以分為（1）純化蛋白質、（2）確定蛋白 質的胺基酸鏈組成、（3）確定蛋白質的特性、（4）解開蛋白質的結構等四大步驟。 每一個步驟對科學家來說都是嚴苛的挑戰。 當科學家取得一個新的蛋白質時，他們首先必須純化蛋白質，摒除雜質，以確 保解讀胺基酸鏈組成的正確性。取得胺基酸鏈的組成之後，科學家們必須將這個 新的胺基酸鏈跟已知的蛋白質胺基酸鏈一一比較，找出相似的部分。然後從相似 的部分，再去推測可能的蛋白質三維結構，並進行實驗上的反覆驗證。已知的蛋 白質成千上萬，光是想要找到相似的胺基酸鏈就曠日廢時。幸好有資訊科技的幫 忙，科學家已經可將已知的蛋白質資訊收集在公開的資料庫中，供不同的研究者 進行比對。 為了能夠加速尋找一個新蛋白質的可能結構，許多預測蛋白質三維結構的程式 因應而生。目前並沒有準確度百分之百的蛋白質結構預測軟體，這是由於軟體發 展上受限於現有的蛋白質知識、演算法的極限，還有龐大的計算量所致。 為了突破演算法本身的極限以及其他種種的限制，”Foldit”遊戲的創作者大膽 假設人類的空間識別能力能夠幫助現有的演算法降低計算量，同時達到更準確的 預測結果。Foldit就是融合了現有的蛋白質結構預測演算法以及人類空間識別能 力所產生的蛋白質結構預測遊戲。 網路遊戲與蛋白質結構研究的結合 乍看之下，由美國華盛頓大學遊戲科學中心（Center for Game Science）與生物 學家們共同發展的 Foldit與一般網路上流行的網路遊戲沒有太大的差別。 打開 Foldit的遊戲主選單，簡單明瞭、顏色鮮豔的主選單畫面立刻躍入眼簾（圖 一）。玩家有三種遊戲模式可以選擇：練習模式、一般關卡模式以及競賽模式。 與大部分的網路遊戲相同，練習模式旨在引導玩家熟悉遊戲的介面以及遊戲規 則；一般關卡模式則是玩家挑戰遊戲給予的難題；競賽模式就是供玩家組成隊 伍、競爭高分。一般網路遊戲所不可少的元素，像是破關的視覺效果與音樂、供 玩家們交流感情的聊天室、激發玩家挑戰慾望的