基于微流控技术图顶点着色问题的DNA计算模型.pdfVIP

第43卷第1期 2013年1月 吉林大学学报(工学版) Journal of Jilin University(Engineering and Technology Edition) V01．43 NO．1 Jan．2013 基于微流控技术图顶点着色问题的DNA计算模型 张勋才1’2，牛 莹2，郗 方1 (1．北京大学信息科学技术学院，北京100871；2．郑州轻工业学院电气信息S-程学院，郑州450002) 摘 要：为减少DNA计算中的人为操作，实现对生化操作的精确控制，设计了一种基于微流 控技术求解图顶点着色问题的微流控DNA计算模型。通过温度来控制微反应器中DNA链 库与磁珠探针的杂交与变性，并利用不同电极间的电位差来驱动DNA分子在微通道内移动 以实现整个计算过程。分析表明，采用本文模型可以自动化地求解任意一个图顶点着色问题， 提高了DNA计算的可靠性。 关键词：计算机应用；DNA计算机；图顶点着色问题；微流控技术 中图分类号：TP384 文献标志码：A 文章编号：1671-5497(2013)Ol一0206-06 DNA computing model of graph vertex coloring problem based on microfluidics ZHANG Xun—cail～，NIU Yin92，XI Fan91 (1．School of Electronics Engineering and Computer Science，Peking University，Beijing 100871，China；2．College of Electrical and Electronic Engineering，Zhengzhou University of Light Industry，Zhengzhou 450002，China) Abstract：A novel kind of DNA computing model for graph vertex coloring problem is proposed based on microfluidies．This model can not only improve the reliability of DNA computing，but also reduce the computing time and experiment operation．The hardware structure of the model is described．The operation steps are introduced using a case study．The simulation results show that this computing model can be used to solve any instances of graph coloring problem automatically． Key words：computer application；DNA computing；graph vertex coloring problem；microfluidic 0 引 言 1994年，Adleman博士开创性地提出利用 DNA分子计算解决有向哈密尔顿路问题[1]。随 后，学者们利用DNA计算求解最大团问题、3一 SAT问题等NP完全问题取得了令人瞩目的成 果[2q]。DNA计算以其高密度的存储容量、海量 的容错计算、非凡的能量效率等优势吸引人们用 其构造新型的纳米器件和实现体内的逻辑诊 断[5]。近二十年DNA计算在模型设计、硬件实 现等方面都有了突破性进展，然而仍存在一些理 论与实验等方面的问题阻止真正可实用型DNA 计算机的出现。首先，编码信息的DNA分子含 量随着问题规模的增大呈指数级增长，缺少大规 模计算所需的组合库链；其次，计算过程需要进行 大量易错、耗时的生化操作；最后，针对给定的问 题需要设计特定的模型，不具备通用性。为此，不 少学者尝试通过各种手段来提高DNA计算的可 收稿日期：2011—10一12． 基金项目：国家自然科学基金项目60910002；“863”国家高技术研究发展计划项目 (2009AA012413)；中国博士后科学基金项目(2010047．0163)． 作者简介：张勋才(1981一)，男，博士．研究方向：智能信息处理与优化控制，系统工程． E-mail：zhangxuncai@pku．edu．cn 万方数据 第1期 张勋才，等：基于微流控技术图顶点着色问题的DNA计算模型 ·207· 靠性、实用性和通用性。 微流控(Microfluidics)技术是一种针对极小