I50V突变体和I50LA71V双突变体HIV-蛋白酶与TMC114抑制剂的相互作用.doc

I50V突变体和I50L/A71V双突变体HIV-蛋白酶与TMC114抑制剂的相互作用（地瑞纳韦）：分子动力学模拟和结合自由能研究1.介绍 蛋白酶抑制剂(PIs)在抗击艾滋病中发挥非常重要的作用，通过在感染的后期阶段抑制HIV-蛋白酶(HIV-pr,如图1所示)，从而分开Gag和Gag-Pol 聚合蛋白，产生成熟的传染性颗粒。然而,它们的有效性极大的受到变异的HIV-pr的影响。突变导致的耐药性是治疗艾滋病毒复制的极大挑战之一。TMC114,非多肽化合物被双四氢呋喃(bis-THF)终止一部分如图2所示,是一个非常强有力的PI,用于治疗耐药艾滋病病毒毒株，包括许多子类型。推测bis-THF的氧原子形成氢键，与HIV-pr残留的Asp30(Asp30′)的N?H基团,增强了HIV-pr 与PI的结合。至于其他批准的PIs,几个HIV-pr 的耐药性突变体证明了TMC114的耐药性，像 D30N和I50V,而L90M与TMC114适应得很好。突变体的耐药机制在分子水平上被探索，运用所有原子的MD模拟结合分子机制-泊松分布/玻耳兹曼表面积(MM-PBSA)，对于TMC114与 D30N和I50V突变体的结合能。发现H-结合的 Asp30和TMC114，导致D30N的耐药性,而对I50V,两个残留Asp30′和Val50′之间，增加了极性溶剂化作用的能量。抑制剂GRL- 98065的抑制作用,TMC114的类似物，其中苯胺基团被苯并二氧杂环戊烯取代，突变体I50V和V82A比野生型(WT)HIV-pr导致更高的熵值变化，范德瓦耳斯力的减少与I84V 和GRL-98065.6的耐药性有关。现在有几个其他的研究，如配体结合相互作用和在使用MM-PBSA方法引起HIV-pr的多药耐药性。 突变I50V和双突变I50L/A71V 被视为是在临床使用的最关键的两个HIV-pr对抑制剂的耐药性的残基突变。然而, 尽管残留存在于两个关键位置，它们对其他一些PIs的影响也被讨论。但对双突变I50L / A71V而言,几乎没有关于它在对TMC114的耐药性的机制的重要性的信息。突变体I50L是阿扎那伟(ATV)的突变信号，增加了对其他抑制剂的易感性，存在于初中级抑制性突变。在分支处的A71V突变体远离活性部位,对配体结合的活性部位有深远的影响，通过氢键从突变处传播。在等温滴定量热法中,Yanchunas等人发现蛋白酶含I50L/A71V增加了与七个相关野生型HIV-pr抑制剂的结合力, 平行于带有这种突变的重组病毒的增加的易感性。因此,双突变(I50L / A71V)对HIV-pr结构中的两个重要的残基Ile50 和Ala71有影响，对单一突变(I50V)不同的影响,提示我们对抑制剂TMC114对蛋白酶的结合亲和力变化进行调查。 在目前的研究中,为促进药物抗性机制的调查，并获得TMC114对WT和突变体HIV-pr的结合信息,MD模拟进行了第一个三抑制剂-游离(apo)WT,I50V ，I50L / A71V HIV蛋白酶以及三个抑制剂-结合的 HIV-蛋白酶。对MD模拟的主要目标是探索三个载脂蛋白和结合朊蛋白的动态行为的相似性和区别。对载脂蛋白和HIV-pr的分析表明，许多有趣的效果是由于双突变体I50L / A71V。I50L / A71V?HIV-pr部分螺旋和打开，比WT和I50V突变体更稳定。TriCa角度的平均关键?活性部位,局部-局部的距离,和卷曲的行为，提出进一步的局部运动，在双突变体,WT和I50V中，可能使活性部位体积更小。最独特的运动，对于HIV-pr复合物，是催化Asp25抑制剂的侧链的运动。有一个的触发器在Asp25 OD1 / OD2原子和O18 TMC114的交互催化之间,这可能是由于双突变体A71V的影响,改变　　了四个反平行的β-sheets与 Val71到 Asp25的连接之间的氢键模式。氢键模式的变化引起β-sheet的重排，并最终影响Asp25残基的动力学。 为定量描述突变体双重的影响,MM-PBSA方法被用来计算绝对结合自由能。进一步分解残渣。结合能的计算的主要目标是要了解双突变体I50L / A71V是否提供对TMC114的抑制性,详细的分析在分子水平上互动机制。至于其他先前的研究,目前的结果还表明,单一突变体I50V降低了I50V?HIV-pr 与TMC的亲和力,导致耐药性。有趣的是双突变体I50L / A71V增加了亲和力,由于较强的约束力,I50L/A71V 与TMC114适合。 2 理论方法　　 2.1．系统设置 WT的晶体结构，突变HIV-pr与TMC- 114来自于蛋白质数据库(PDB)。WT HIV-pr, I50V突变体, I50V / A71V双突变体HIV-pr。有备用构象:构象A和B,由